请问一些长条形管状或者带状分子有没有什么好的方法？

gsbear

对于一些大分子量的管状或者带状分子，在建立模型盒子的时候，如果用gmx editconf -bt cubic参数建立立方体PBC的话，在加溶剂的时候会加入很多溶剂分子，导致整个体系非常庞大，模拟的时候非常慢。
但是如果建立长方体的PBC的话，在模拟过程中分子转动又很可能会超出边界。
老师们有没有什么好的经验，对于这一类长条形管状线形分子应该怎么设置体系，能够让模拟更高效？

gsbear

最近做了一个50个葡萄糖的纤维素分子同源建模，结果用立方体PBC，加水的时候充了接近5万个水分子进去，整个体系太大，跑起MD来，每秒只能大概算10步，慢的要崩溃，而且产生的轨迹文件也是超级大。

snljty

长方体盒子，comm-mode = angular，选择对合适的大分子的组，过一段时间就消除掉平动和转动。grompp的时候几个额外的warning消除就好

gsbear

snljty 发表于 2020-5-7 22:42
长方体盒子，comm-mode = angular，选择对合适的大分子的组，过一段时间就消除掉平动和转动。grompp的时候 ...

多谢