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[综合交流] 氯化胆碱与乙酸CH3COOH模型建立的疑问

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其中一个有机小分子ChCl(氯化胆碱),由胆碱离子和氯离子组成,另一个小分子乙酸CH3COOH, 他们通过氢键形成稳定的共融物,请问我建模的时候是将Ch+和Cl- 组合优化后得到ChCl和乙酸 两个组分模拟,还是应该Ch+,Cl-,乙酸三个组分来模拟呢?是否有区别?

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2#
发表于 Post on 2020-2-6 02:11:18 | 只看该作者 Only view this author
都共融物了,什么叫两个、三个组分来模拟?实际计算过程中显然是都放到一起跑的
模拟过程中Cl-会到处乱跑,并不和Ch+稳固结合,因此分子的拓扑文件肯定是对Ch+、Cl-、乙酸分别给出的
说模拟的时候要说明用什么程序,我这里假设你用gromacs

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