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[GROMACS] 伞行采样牵引力问题

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GROMACS的伞行采样教程中,mdp中
pull_ncoords            = 1         ; only one reaction coordinatepull_ngroups            = 2         ; two groups defining one reaction coordinatepull_group1_name        = Chain_Apull_group2_name        = Chain_Bpull_coord1_type        = umbrella  ; harmonic potentialpull_coord1_geometry    = distance  ; simple distance increasepull_coord1_dim         = N N Y     ; pull along zpull_coord1_groups      = 1 2       ; groups 1 (Chain A) and 2 (Chain B) define the reaction coordinate
问题:
1.教程中定义的是A链与B链的距离进行谐振力对A链进行牵引。但是我如果只想让一个离子在Z方向定向移动该如何设置这一部分的mdp。
2.如果不想用谐振力,而用电场进行牵引该如何设置。
3.伞行采样计算的平均力势(PMF)与自由能是什么关系,是一个意思吗。如果是的话伞行采样是通过热力学微扰的方法计算的自由能吗。
请社长不吝指点。


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