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[NBO相关] 求助 使用NBO7计算键级时出现键级数据不合理情况,如何解决?

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各位老师好,我在使用NBO7计算键级时,发现得到的键级数据不合理。我是取分子柔性扫描曲线上,不同点进行的计算。在编辑关键词时是批量替换的,但会出现有的文件可以算出合理结果,而有的不能算出合理结果的情况。
这里是关键词:$nbo archive file=a_1 nrt plot memory=4GB $end

得到的键级数据:
在合理的情况下,计算出的键级数据为:
Natural Bond Order:  (total/covalent/ionic)

     Atom       1       2          3         4         5        6         7         8        9
     ----       ------   ------    ------   ------    ------   ------    ------   ------    ------
   1.  P  t 0.5156 1.5062 0.4941 0.5707 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
           c   ---     0.5843 0.2548 0.2423 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
           i    ---     0.9219 0.2393 0.3284 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000

   2.  O  t 1.5062 2.4938 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
            c 0.5843    ---    0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
            i 0.9219    ---    0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000


但是,在计算时,常出现的我认为是不合理的结果:
Natural Bond Order:  (total/covalent/ionic)

     Atom       1       2          3         4         5        6         7         8        9
     ----       ------   ------    ------   ------    ------   ------    ------   ------    ------

   1.  P  t 0.0000 1.0000 1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
          c     ---    0.3918 0.5234 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
          i      ---    0.6082 0.4766 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000

   2.  O  t 1.0000 3.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
          c 0.3918      ---    0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
          i 0.6082      ---     0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000

或是:
Natural Bond Order:  (total/covalent/ionic)
     Atom       1       2          3         4         5        6         7         8        9
     ----       ------   ------    ------   ------    ------   ------    ------   ------    ------

   1.  P  t 0.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
          c     ---    0.4237 0.3761 0.4820 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
          i     ---     0.5763 0.6239 0.5180 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000

   2.  O  t 1.0000 3.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
          c 0.4237     ---     0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
          i 0.5763      ---    0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000

出现此类结果时,P-O之间的键级都是1,且在柔性扫描曲线上,取出的点很多都计算不到合理的键级数据,不知道是不是关键词的编辑上存在问题,希望各位老师能够解答,谢谢!

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发表于 Post on 2020-4-26 02:04:28 | 只看该作者 Only view this author
用NRT分析之前必须先搞懂NRT算法,否则不可能正确理解数据
涉及到结构显著变化的过程,如果你不特意恰当设置参考Lewis结构,NRT结果的变化往往会是非连续的,在某些结构下还有严重误导性

如果不是非得用NRT键级不可,用Multiwfn算Mayer键级、拉普拉斯键级之类好得多,用着省事,随结构变化也是连续的,参考比如
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-27 10:36:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-26 02:04
用NRT分析之前必须先搞懂NRT算法,否则不可能正确理解数据
涉及到结构显著变化的过程,如果你不特意恰当设 ...

明白了,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-12 21:08:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-26 02:04
用NRT分析之前必须先搞懂NRT算法,否则不可能正确理解数据
涉及到结构显著变化的过程,如果你不特意恰当设 ...

老师,加入参考结构后,计算的输出文件中有个别出现:
NRTDRV: NRT has no resonance structures
没有键级数据输出,是什么原因呢?

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发表于 Post on 2020-5-13 06:09:22 | 只看该作者 Only view this author
一未命名一 发表于 2020-5-12 21:08
老师,加入参考结构后,计算的输出文件中有个别出现:
NRTDRV: NRT has no resonance structures
没有 ...

8成是参考结构定义得有问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-13 20:21:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-13 06:09
8成是参考结构定义得有问题

明白了,谢谢老师,我再改参考结构试试。

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