求助，使用DLPNO-CCSD(T)计算较大的金属原子团簇卡死的问题

DoorBell · 发表于 Post on 2020-5-11 09:57:33

本帖最后由 DoorBell 于 2020-5-11 10:04 编辑

如题，金属团簇大约20个Rh，关键词如下：

! DLPNO-CCSD(T)
%basis
basis "def2-TZVP"
AuxC "def2-TZVP/C"
AuxJ "def2/J"
AuxJK "def2/JK"
end
%maxCore 32768
%pal
nProcs 48
end
%output
XYZFile true
end

复制代码

由于事先读入了Gaussian的同级别收敛HF波函数所以HF计算可以顺利收敛，但计算到此处（即耦合簇迭代开始时）时就会卡住：

----------------------------------------------------------
OPEN-SHELL COUPLED CLUSTER ITERATIONS
----------------------------------------------------------
Number of PNO amplitudes to be optimized ... 22546366
Number of canonical amplitudes for strong pairs ... 7781712546
Untruncated number of canonical amplitudes ... 18702520106
Iter E(tot) E(Corr) Delta-E Residual Time
0

复制代码

具体表现为所有orca_mdci_mpi进程CPU占用均降低至1%以下，进程状态为D且该任务在接下来几天时间里不会再输出任何信息，仅可以看到临时文件修改日期发生变化。

已经调整了并行核数和线程内存限制多次，均会出现此问题，并且检查计算节点（192核，6T内存）无任何报错且该节点可以完成较小分子的DLPNO-CCSD(T)计算。
ORCA为4.2.1，OpenMPI为3.1.3（使用GNU和Intel编译器均已尝试），可否请各位老师看看这是什么问题？非常感谢各位老师！

shalene · 发表于 Post on 2020-5-11 14:32:37

以前本版讨论过，硬盘的问题。临时文件过大，需配大容量SSD

shalene · 发表于 Post on 2020-5-11 14:35:28

另外，多大的簇？体系大了，每核32G不一定够哟

DoorBell · 发表于 Post on 2020-5-11 14:52:21

shalene 发表于 2020-5-11 14:35
另外，多大的簇？体系大了，每核32G不一定够哟

大小是20个Rh
测试过16核每核200G内存，依然有问题
另外硬盘的话，还有169T空间可用2333，应该不是这个原因。

shalene · 发表于 Post on 2020-5-11 15:11:34

给个参考，我60原子纯有机体系，def2tzvp，dlpno-ccsd(t1)，临时文件230GB(只是一瞥，肯定比这大)。

你估计下你体系临时文件有多大，硬盘要写多久。

通常并不是硬盘容量不够，是写的速度不够，所以要大容量SSD

DoorBell · 发表于 Post on 2020-5-11 15:31:14

shalene 发表于 2020-5-11 15:11
给个参考，我60原子纯有机体系，def2tzvp，dlpno-ccsd(t1)，临时文件230GB(只是一瞥，肯定比这大)。

你 ...

这是超算啊2333
在计算过程中测试硬盘持续写入速度都有3G/s。这个计算的临时文件大约1T，读写速度应该够快啊。
另外就算是需要等待硬盘读写，orca_mdci_mpi的CPU占用不会降到1%以下这么低

biogon · 发表于 Post on 2020-5-11 21:16:27

这恐怕是bug吧，方便的话可以传输入文件还有轨道上来我在我机器上跑一下看看

shalene · 发表于 Post on 2020-5-12 11:09:28

DoorBell 发表于 2020-5-11 15:31
这是超算啊2333
在计算过程中测试硬盘持续写入速度都有3G/s。这个计算的临时文件大约1T，读写速度应该够 ...

临时文件大小变了么？

你说得对，我回去看了下，写硬盘时还有10%左右cpu占用

DoorBell · 发表于 Post on 2020-5-13 12:56:10

本帖最后由 DoorBell 于 2020-5-13 13:02 编辑

biogon 发表于 2020-5-11 21:16
这恐怕是bug吧，方便的话可以传输入文件还有轨道上来我在我机器上跑一下看看

应该不是Bug，在另外一个很老的集群上面反而可以正常计算，就是慢到无法算完，而且有一定几率无故终止。在这个较新的集群上是直接卡住了。。。

DoorBell · 发表于 Post on 2020-5-13 12:56:59

shalene 发表于 2020-5-12 11:09
临时文件大小变了么？

你说得对，我回去看了下，写硬盘时还有10%左右cpu占用

临时文件修改日期有变化，但是整个文件夹的修改日期无变化，说明没有任何新文件产生

plus · 发表于 Post on 2020-5-13 14:26:43

8核足以

biogon · 发表于 Post on 2020-5-13 15:32:03

本帖最后由 biogon 于 2020-5-13 15:36 编辑

DoorBell 发表于 2020-5-13 12:56
应该不是Bug，在另外一个很老的集群上面反而可以正常计算，就是慢到无法算完，而且有一定几率无故终止。 ...

慢到算不完这不也是有问题

DoorBell · 发表于 Post on 2020-5-13 22:31:30

biogon 发表于 2020-5-13 15:32
慢到算不完这不也是有问题

问题倒不是算得慢因为集群很老了，主要是有一定几率无故终止。在新集群上是直接卡住那种，不是快慢问题，CPU占用基本都是0

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