Gaussian做硬脂酸铁结构优化计算时遇到Error termination in NtrErr……怎么解决？

wzm12天空 · 发表于 Post on 2020-5-14 20:34:34

本帖最后由 wzm12天空于 2020-5-16 10:20 编辑

计算分子为十八酸铁，分子结构如下：

输入文件：

%chk=fest2.chk

#p opt freq b3lyp 6-31g*5d int=ultrafine

scf=(novaracc,vshift=500,noincfock)

geometry optimization and vibratioal analysis of fest2

0 6

迭代运算已经结束SCF Done: E(UB3LYP) = -3836.19808737 A.U. after 1 cycles
但是接下来运算出了问题：

Number 0

Base 20480

End 67072

End1 67072

Wr Pntr 20480

Rd Pntr 20480

Length 46592

Errortermination in NtrErr:

NtrErrcalled from FIOCnC.

请问是哪里除了问题？

补充：out文件已上传

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-5-14 20:45:32

看这个

Gaussian 常见报错及解决方法；新手求助报错时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 29&fromuid=5840

wzm12天空 · 发表于 Post on 2020-5-15 09:30:03

hebrewsnabla 发表于 2020-5-14 20:45
看这个

Gaussian 常见报错及解决方法；新手求助报错时的注意事项

这个帖子我看了，里面有个例子跟我这个错误类似，但是根据这句报错NtrErr called from FIOCnC，我在out文件中搜索FIOCnC就只有最后报错的的语句中出现过，我尝试上传out文件但是提示我不能上传，我可以把我的out文件发私信给您吗？
另外，我做过过较小的分子乙酸铁的尝试计算都能正常结束。
输入文件：
%chk=feoac7
#P b3lYP/6-31G*5d opt freq int=ultrafine scf(NoVarAcc,Vshift=500,noincfock,conver=6)

geometry optimization and vibratioal analysis of feoac7

0 6

snljty · 发表于 Post on 2020-5-15 09:50:36

怎么可能自洽场第一轮就收敛了，又没用Guess=Read。你看看你的6-31G*和5d之间是你没发出来，还是少写了个空格？输出文件非要上传打压缩包。

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-5-15 09:59:58

wzm12天空发表于 2020-5-15 09:30
这个帖子我看了，里面有个例子跟我这个错误类似，但是根据这句报错NtrErr called from FIOCnC，我在out文 ...

怎么上传文件看 http://bbs.keinsci.com/thread-25-1-1.html

wzm12天空 · 发表于 Post on 2020-5-15 10:16:55

snljty 发表于 2020-5-15 09:50
怎么可能自洽场第一轮就收敛了，又没用Guess=Read。你看看你的6-31G*和5d之间是你没发出来，还是少写了个空 ...

是我没有表述清楚，抱歉。自洽场我只写了收敛的那一轮事实上是运行了61轮收敛的。那个空格确实是in文件里少写了，谢谢，文件上传以后一定规范。谢谢指教

wzm12天空 · 发表于 Post on 2020-5-15 10:17:30

hebrewsnabla 发表于 2020-5-15 09:59
怎么上传文件看 http://bbs.keinsci.com/thread-25-1-1.html

学到了，谢谢，以后会规范上传的

wzm12天空 · 发表于 Post on 2020-5-15 10:38:52

snljty 发表于 2020-5-15 09:50
怎么可能自洽场第一轮就收敛了，又没用Guess=Read。你看看你的6-31G*和5d之间是你没发出来，还是少写了个空 ...

我可不可以用这次的chk文件生成新的gjf文件再计算？这样会不会快一些？

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-15 17:08:22

贴诸如
Number             0
Base          20480
End          67072
End1          67072
Wr Pntr       20480
Rd Pntr       20480
Length       46592
这种信息没有任何意义。直接上传压缩后的输出文件，省得别人猜

不要写5d这种没意义的关键词

当前体系直接用B3LYP极其不妥。烃链之间会有显著的色散作用，实际气象中烃链也不可能处于岔开状态，而是会因为色散吸引作用吸到一起去。此任务应当加D3校正，仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

wzm12天空 · 发表于 Post on 2020-5-16 10:18:11

sobereva 发表于 2020-5-15 17:08
贴诸如
Number 0
Base 20480

谢谢社长的回复，这两天认真阅读了发帖规则，以后会规范的。
在论坛里学到了很多，已经找到out文件中真正的报错原因了。
关于色散校正的帖子会认真阅读学习的。谢谢社长的指点。
另外，运算报错为：“Internal consistency error detected in FileIO for unit 1 I= 5 J= 0 IFail= 1.” 我在网上查的原因是“Gaussian is limited to 16 GB of scratch space on the 32-bit nodes.”这样我的这个体系有没有可能在32bits的Gaussian09W下运算成功？还是说只能用64bits的？

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-17 03:26:51

wzm12天空发表于 2020-5-16 10:18
谢谢社长的回复，这两天认真阅读了发帖规则，以后会规范的。
在论坛里学到了很多，已经找到out文件中真 ...

没完整输出文件没法判断
对于32bit版本算这个体系的freq有可能因16GB的限制无法完成的可能性，你看看临时文件目录里临时文件的大小可以判断
这种情况只能用64bit的

wzm12天空 · 发表于 Post on 2020-5-17 07:54:42

sobereva 发表于 2020-5-17 03:26
没完整输出文件没法判断
对于32bit版本算这个体系的freq有可能因16GB的限制无法完成的可能性，你看看临 ...

谢谢社长，我试试看

Stefinetaipei · 发表于 Post on 2020-5-17 12:44:39

同学，你好我最近也在做这种N-乙酰-L-半胱氨酸的络合，里面亦涉及到铁-羧酸的反应，可以交流一下吗？

wzm12天空 · 发表于 Post on 2020-5-18 09:14:23

Stefinetaipei 发表于 2020-5-17 12:44
同学，你好我最近也在做这种N-乙酰-L-半胱氨酸的络合，里面亦涉及到铁-羧酸的反应，可以交流一下吗？

我只是做分子的优化，不做反应的，而且我水平不高，可能给你的帮助很小……

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