使用gaussian对沥青质分子结构优化不收敛问题求助

芝士石油pro · 发表于 Post on 2026-2-5 17:46:20

本帖最后由芝士石油pro 于 2026-2-6 11:31 编辑

各位老师好，我使用b3lyp/6-311g** em=GD3BJ优化沥青质分子，无法收敛。后换用小基组尝试，仅可在3-21G收敛，6-31g*就不收敛，即使放松收敛要求也不可以，请教各位老师该如何解决

ASP4.gjf (11.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

nohup.zip (660.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

nohup_4.zip (217.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

zjxitcc · 发表于 Post on 2026-2-5 18:19:53

本帖最后由 zjxitcc 于 2026-2-5 18:31 编辑

第122-125号原子是什么基团？是否建模有误？第118号原子似乎少接1个氢，而第122号原子似乎多接1个氢。当前体系电荷为-1，确定吗？你上传的gjf文件、展示的三维结构，二维键线式三者之间对不上，不是一个东西。请思考上述问题，方便你自己判断结构合理性。

SCF(conver=6)无用，IOp(7/127=-99)专坑新手。

KazusaT · 发表于 Post on 2026-2-5 18:21:44

这种普通有机分子，又没有特殊成键和特殊基团，感觉没什么道理不收敛，查一下公社关于结构优化的帖子应该很容易解决。

zjxitcc · 发表于 Post on 2026-2-5 18:25:12

本帖最后由 zjxitcc 于 2026-2-5 18:30 编辑

KazusaT 发表于 2026-2-5 18:21
这种普通有机分子，又没有特殊成键和特殊基团，感觉没什么道理不收敛，查一下公社关于结构优化的帖子应该很 ...

他有可能建模错了，也有可能上传错了文件，我们不能把时间浪费在错误的计算上。

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2026-2-5 18:40:19

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2026-2-5 18:43 编辑

zjxitcc 发表于 2026-2-5 18:25
他可能建模错了，我们不能把时间浪费在错误的计算上。

这种所谓煤分子、沥青质、干酪根等无定形有机物的分子模型就跟我之前注意到的煤炭模型那样，在论坛不算少见……
http://bbs.keinsci.com/thread-19810-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-22433-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-40128-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-45874-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-52656-2-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-57816-1-1.html
可能很多都是参考如10.1016/j.fuel.2011.11.025的文献，按元素比例随机生成的杂原子与各种官能团修饰的多环芳烃类有机物。我都不知道这种研究是怎么论证“计算数据以及研究结论有多大程度取决于具体分子结构”这个问题的，没准结构稍微变一下又能得到完全不同的结果呢。

wal · 发表于 Post on 2026-2-5 18:45:20

KazusaT 发表于 2026-2-5 18:21
这种普通有机分子，又没有特殊成键和特殊基团，感觉没什么道理不收敛，查一下公社关于结构优化的帖子应该很 ...

所以这种分子出现不收敛首先应该怀疑建模正确性

KazusaT · 发表于 Post on 2026-2-5 18:59:40

zjxitcc 发表于 2026-2-5 18:25
他有可能建模错了，也有可能上传错了文件，我们不能把时间浪费在错误的计算上。

有道理，在pad上浏览没有看gjf

KazusaT · 发表于 Post on 2026-2-5 19:00:06

wal 发表于 2026-2-5 18:45
所以这种分子出现不收敛首先应该怀疑建模正确性

正确的

芝士石油pro · 发表于 Post on 2026-2-5 21:40:38

zjxitcc 发表于 2026-2-5 18:19
第122-125号原子是什么基团？是否建模有误？第118号原子似乎少接1个氢，而第122号原子似乎多接1个氢。当前 ...

第一次上传的gjf文件，未经结构优化，在gView里偏差较大，现已上传6-31g*优化过程中的最后一帧结构的gjf，虽仍未收敛，但是已无明显C-H成键错误。
我在gView里看，这个分子最后一个原子就是122号H，没有123-125，Multiwfn里也是如此。
这个分子有一个失氢的羧基，整体应该就是电荷是-1
SCF(conver=6)，IOp(7/127=-99)是在社长的关于结构不收敛解决方法博文里找的，以降低收敛要求
结构就是按照论文里的分子结构建的，应该是没有问题的

KazusaT · 发表于 Post on 2026-2-5 21:43:14

本帖最后由 KazusaT 于 2026-2-5 21:48 编辑

芝士石油pro 发表于 2026-2-5 21:40
第一次上传的gjf文件，未经结构优化，在gView里偏差较大，现已上传6-31g*优化过程中的最后一帧结构的gjf ...

对于这样的分子，我建议是先用xtb做一下优化，虽然会有一些偏差，但是总体来说结构上还是可以接受的。
至于后面为什么不收敛，还是请你先上传输出文件吧，需要具体看一下你的输出文件。

芝士石油pro · 发表于 Post on 2026-2-5 21:43:27

KazusaT 发表于 2026-2-5 18:21
这种普通有机分子，又没有特殊成键和特殊基团，感觉没什么道理不收敛，查一下公社关于结构优化的帖子应该很 ...

我也感觉应该不能一直不收敛，我也看了好多结构优化的博文和社长的总结的方法，但一直收敛不了，就发帖请教一下

芝士石油pro · 发表于 Post on 2026-2-5 22:09:17

KazusaT 发表于 2026-2-5 21:43
对于这样的分子，我建议是先用xtb做一下优化，虽然会有一些偏差，但是总体来说结构上还是可以接受的。
...

在服务器上跑的nohup.out已上传

wal · 发表于 Post on 2026-2-5 22:12:30

芝士石油pro 发表于 2026-2-5 21:43
我也感觉应该不能一直不收敛，我也看了好多结构优化的博文和社长的总结的方法，但一直收敛不了，就发帖请 ...

SCF(conver=6)，IOp(7/127=-99)是解决SCF不收敛用的跟几何优化一点关系都没有
你用过什么方法，是什么结果都应该讲出来，对应log文件也应当压缩上传。社长的博文里基本就是全部的解决办法，如果你偷偷漏掉几种然后就给别人一句“都试过了”总结，那你发帖也没人能救啊。

wal · 发表于 Post on 2026-2-5 22:23:10

看了眼你的log，一开始SCF是能收敛的而且收敛很快，跑到后面忽然收敛不了，这搞不好是你的关键词闹得。看第二个SCF输出像是震荡了，你先把novaracc删了看看，如果还不行，再试别的SCF收敛方法

SharkYYX2025 · 发表于 Post on 2026-2-6 00:35:30

当前结构五元含氮杂环N-H看着很奇怪。
我拿xtb优化了一下，转成gjf了，可以试试这个

xtbopt.gjf (5.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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