求助：高斯中隐式溶剂模型对分析体系弱相互作用能是否产生明显影响

sungl123456 · 发表于 Post on 2020-7-1 11:23:27

问题1：本人模拟体系溶质为离子液体，溶剂为乙醇和乙酸乙酯的混合物，模拟为研究离子液体的一对离子和其中一个溶质分子之间的相互作用。想请问老师，此时选用隐式溶剂模型，是不是应该选介电常数更大的乙醇？
问题2：在考虑隐式溶剂模型的情况下计算混合物的相互作用时，是否还是按照在真空中的计算相互作用能的方式计算，即e=E(AB)-E(A)-E(B)？上述问题不考虑bsse矫正对最后数值计算的影响。
问题3：一个拓展问题，在分子动力学研究中，对于几百个分子的模拟，gromacs能否统计出体系中的所有分子的一个平均相互作用能。假设体系中只有两种分子，A和B。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-1 19:53:34

1 否。自定义混合溶剂
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

2 是

3 可以。把A和B定义为两个能量组，然后用gmx energy从edr文件中提取组间作用能即可。

sungl123456 · 发表于 Post on 2020-7-2 09:10:53

sobereva 发表于 2020-7-1 19:53
1 否。自定义混合溶剂
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http: ...

好的，问题解决，感谢老师

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