确定最优结构问题

大王雷 · 发表于 Post on 2020-6-3 13:32:38

本帖最后由大王雷于 2020-6-3 15:33 编辑

各位老师好，我用高斯的DFT优化了小分子的结构，并以优化后的结构来进行后续的模拟计算。现在审稿人问如何确定最优结构，我看大多文献都是对优化过程进行解释，用了什么基组，然后就给出了优化后的构型。请问老师我也像参考文献这样去解释是否合理呢？还是需要考虑其能量值？但是好像对于密度泛函来说，好像看不到分子优化过程中的能量值，我不知道我理解的是否有误，还请各位老师指点！

审稿人问题如下：

elvisng · 发表于 Post on 2020-6-3 14:26:35

我估計審稿人的意思是問你是怎樣做構象搜索得到最優構象去優化, 不過你最好可以把審稿人的原句貼出來

大王雷 · 发表于 Post on 2020-6-3 15:34:31

本帖最后由大王雷于 2020-6-3 15:35 编辑

elvisng 发表于 2020-6-3 14:26
我估計審稿人的意思是問你是怎樣做構象搜索得到最優構象去優化, 不過你最好可以把審稿人的原句貼出來

您好，审稿人问题我贴出来，麻烦您帮我看一下。因为的分子结构比较简单，不用做构想搜索，是直接建模后选用基组优化的

elvisng · 发表于 Post on 2020-6-3 18:12:40

由於不確定你的分子是怎麼樣的, 但估計是兩個或以上的小分子 monomer 結合在一起的 complex? 如果是, 他的意思是你是怎樣決定這兩個 monomer 的結合方式 (就是說兩個 monomer 是怎麼擺的)。通常就是你把多個不同的擺法都算一次, 然後告訴他你考慮了哪些擺法, 然後告訴他哪一種擺法能量最低, 因此最合理。

大王雷 · 发表于 Post on 2020-6-3 19:03:00

elvisng 发表于 2020-6-3 18:12
由於不確定你的分子是怎麼樣的, 但估計是兩個或以上的小分子 monomer 結合在一起的 complex? 如果是, 他的 ...

好的，感谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-3 20:25:57

做团簇构型搜索，以尽可能把构型考虑充分、避免漏掉实际的能量最低结构。用genmer+molclus实现超级方便：
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

大王雷 · 发表于 Post on 2020-6-3 20:28:43

sobereva 发表于 2020-6-3 20:25
做团簇构型搜索，以尽可能把构型考虑充分、避免漏掉实际的能量最低结构。用genmer+molclus实现超级方便：
...

谢谢老师

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