为什么obgmx产生的铅离子的LJ参数与UFF力场原文不同

a9471163 · 发表于 Post on 2021-8-27 17:04:41

本帖最后由 a9471163 于 2021-8-27 17:07 编辑

大家好，我发现obgmx产生的铅离子的sigma参数与力场原文值不同（obgmx产生的top中，sigma值为0.3828nm,而UFF力场原文中，sigma值为0.4297nm），但epsilon与原文一致（obgmx产生的top中，epsilon单位kJ/mol，原文是kcal/mol，所以看起来epsilon值不同，但实际上换算一下单位，就发现跟力场原文的值相同）。
想请教一下，为什么会有这种情况呢，此时我使用UFF力场原文的sigma值，并认为obgmx生成了错误的sigma值，可以吗？（附UFF原文链接：J. Am. Chem. SOC. 1992, 114, 10024-10039，参数在表1，表达式为20式，通过20式可知参数的单位）

jimulation · 发表于 Post on 2021-8-27 17:28:02

https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja00051a040
UFF的LJ函数形式和GMX默认的不一样
http://bbs.keinsci.com/thread-20952-1-1.html

a9471163 · 发表于 Post on 2021-8-27 18:03:30

jimulation 发表于 2021-8-27 17:28
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja00051a040
UFF的LJ函数形式和GMX默认的不一样
http://bbs.keins ...

请问是不是要用obgmx产生的sigma值，这样才是准的，我是在gromacs里模拟的

jimulation · 发表于 Post on 2021-8-27 18:04:17

a9471163 发表于 2021-8-27 18:03
请问是不是要用obgmx产生的sigma值，这样才是准的，我是在gromacs里模拟的

用0.3828nm是对的

a9471163 · 发表于 Post on 2021-8-27 18:05:05

jimulation 发表于 2021-8-27 18:04
用0.3828nm是对的

非常感谢老师！

lyj714 · 发表于 Post on 2021-8-29 13:07:43

多嘴一句，你这个参数是错误的Pb2+的lj参数，uff这明显不是离子。有很多文献也有Pb2+的参数为何不用，Merz也比你这强。

a9471163 · 发表于 Post on 2021-8-29 17:28:33

本帖最后由 a9471163 于 2021-8-29 17:30 编辑

lyj714 发表于 2021-8-29 13:07
多嘴一句，你这个参数是错误的Pb2+的lj参数，uff这明显不是离子。有很多文献也有Pb2+的参数为何不用，Merz ...

谢谢提醒，您的意思是，UFF原文的表1，给的铅参数，包括其他金属原子的参数，适合成键的金属，而不适合金属离子，是这样么

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