求助gromacs的输入文件中如何改变单位

zhangzh · 发表于 Post on 2020-6-26 21:24:56

我在文献中找到的一个晶体的坐标文件是用dat存储的，然后其中的长度单位全部都是埃，然而gro文件默认的单位是nm，请问如何在输入时快速换算长度单位呢

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-6-26 21:30:38

先弄清楚这个dat文件中的数据结构，然后写个脚本转换成gro格式即可。

zhangzh · 发表于 Post on 2020-6-26 21:32:10

liuyuje714 发表于 2020-6-26 21:30
先弄清楚这个dat文件中的数据结构，然后写个脚本转换成gro格式即可。

dat文件中全都是坐标，请问具体应该怎么做呢

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-6-26 21:35:44

zhangzh 发表于 2020-6-26 21:32
dat文件中全都是坐标，请问具体应该怎么做呢

给出文献题目，上传dat文件，可以帮你看看能否实现

zhangzh · 发表于 Post on 2020-6-26 21:49:17

liuyuje714 发表于 2020-6-26 21:35
给出文献题目，上传dat文件，可以帮你看看能否实现

readme.txt (796 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)

supp.dat (240.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

hayward1997.pdf (424.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)
数据文件和文献都在这里，非常感谢！

zhangzh · 发表于 Post on 2020-6-26 23:57:41

liuyuje714 发表于 2020-6-26 21:35
给出文献题目，上传dat文件，可以帮你看看能否实现

我用excel解决了...

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-6-27 01:44:58

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-6-27 01:50 编辑

zhangzh 发表于 2020-6-26 21:49
数据文件和文献都在这里，非常感谢！

看来回复晚了。还是提供一个bash脚本吧，使用方式：

复制代码

即可生成一系列的gro文件，分别对应不同的ice晶胞模型（11种）

zhangzh · 发表于 Post on 2020-6-27 11:05:30

liuyuje714 发表于 2020-6-27 01:44
看来回复晚了。还是提供一个bash脚本吧，使用方式：
即可生成一系列的gro文件，分别对应不同的ice晶胞[/ ...

非常感谢!这个方便多了

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