求助Berendsen压控得到的平均压强比Parrinello-Rahman的更准？

bobosiji · 发表于 Post on 2021-5-7 21:09:18

模拟八百多个水分子，时长60ns，分析后面的55ns，设置压强1bar，tau-p 从0.2到10 都试了，gmx是5.1.5版，重复跑了很多次模拟。如果用Berendsen压控，平均压强都在0.5-1.5bar之间，压强的rmsd在400以下。
如果用Parrinello-Rahman压控，平均压强都在1.4-2.5bar之间（只有一次是0.1bar），压强的rmsd在400以上。
1、如果要使模拟的平均压强接近设定压强，是不是Berendsen压控比Parrinello-Rahman要好一些？
2、或者对于NPT模拟来说，“使模拟的平均压强接近设定压强”这个要求本来就没有意义？
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3、此外，如果对NPT模拟，“使模拟的平均压强接近设定压强”这个要求有意义，又一定要用Parrinello-Rahman压控得到1bar的平均压强，
是不是设置压强（p-ref）还不能是1bar？因为我们上面测试的模拟表明，Parrinello-Rahman压控得到的平均压强总是比设置压强要大。
非常感谢各位提点~~

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-8 01:35:06

对于凝聚相体系，由于体系的可压缩系数非常低，压力差几bar对盒子尺寸、结果的影响可忽略不计，没必要纠结于这点平均压力的差异上

yuanen · 发表于 Post on 2021-7-8 20:22:54

本帖最后由 yuanen 于 2021-7-8 20:23 编辑

我想问问，关于采用控压后压强的rmsd小于400以下和设置为1bar平均压强在1.5bar以下时这是一个对控压合理的一种标准吗？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-18 02:19:20

yuanen 发表于 2021-7-8 20:22
我想问问，关于采用控压后压强的rmsd小于400以下和设置为1bar平均压强在1.5bar以下时这是一个对控压合理的 ...

没有这种一刀切的标准
就算你设了1bar，最终平均压力有N bar，通常也没有什么问题
体系越大，压力波动会倾向于越小。压力的波动随着粒子数的增多以平方根为比例而减小，所以给RMSD的幅度定标准也没意义

yuanen · 发表于 Post on 2021-7-19 09:14:08

sobereva 发表于 2021-7-18 02:19
没有这种一刀切的标准
就算你设了1bar，最终平均压力有N bar，通常也没有什么问题
体系越大，压力波动 ...

谢谢老师，也就是说只要每次模拟的压强都都在相近的范围就可以

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-19 21:44:03

yuanen 发表于 2021-7-19 09:14
谢谢老师，也就是说只要每次模拟的压强都都在相近的范围就可以

只要模拟过程结构变化合理，盒子尺寸、密度没有异常，压力没有整体性的大幅变化就行了，别去在意波动程度

yuanen · 发表于 Post on 2021-7-19 22:08:43

sobereva 发表于 2021-7-19 21:44
只要模拟过程结构变化合理，盒子尺寸、密度没有异常，压力没有整体性的大幅变化就行了，别去在意波动程度

好的，谢谢老师

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