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[VMD] 求助关于VMD按电荷着色和查看电荷的方法

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我从RCSB数据库下载蛋白质以后,使用charge进行着色发现所有的地方都是灰色的,请问该如何显示出体系中的带电荷氨基酸呢?
以及有什么方法可以查看到这个体系的净电荷量吗?

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发表于 Post on 2020-6-30 00:21:28 | 只看该作者 Only view this author
pdb文件里本来就没原子电荷信息,显然没法用charge着色。charge不是按氨基酸是否带电着色,而是根据原子电荷来着色,而且就算你用pqr这种有原子电荷的文件作为输入,当前这种drawing method下由于不显示原子,照样不可能显示出颜色。

selected atom里用charged作为选择语句就可以选择中性环境下带电的氨基酸,指定成特殊的显示方式或者颜色就能凸现出来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-30 01:18:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-30 00:21
pdb文件里本来就没原子电荷信息,显然没法用charge着色。charge不是按氨基酸是否带电着色,而是根据原子电 ...

谢谢,还想请教一下有什么方法可以快速看到这个分子整体带多少电荷吗?感觉氨基酸一多,手动数就会很慢

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发表于 Post on 2020-6-30 01:55:49 | 只看该作者 Only view this author
zhangzh 发表于 2020-6-30 01:18
谢谢,还想请教一下有什么方法可以快速看到这个分子整体带多少电荷吗?感觉氨基酸一多,手动数就会很慢

看你的文件具体是什么格式的。简单情况用ultraedit的列模式把原子电荷都拷到excel里,用sum函数相加就完了
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