AC建模问题（定向排列分子）

勿忘心安 · 发表于 Post on 2019-10-14 22:25:10

请问，如何在MS中定向排列分子？举个例子：油水表面活性剂三个AC组成的盒子再用Buil组合成一个盒子后，将表面活性剂的极性基对着水相，非极性基对着油相。详细见图。

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-15 00:31:26

你可以用packmol建，然后再导入M$
packmol建模可控性强得多，建这种体系相当容易，定向排列只需要对头尾原子设置出现位置的约束即可

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-10-15 15:05:18

sobereva 发表于 2019-10-15 00:31
你可以用packmol建，然后再导入M$
packmol建模可控性强得多，建这种体系相当容易，定向排列只需要对头尾原 ...

借楼提问：请问老师，我的体系中带有苯环，请问在模拟过程中，苯环的结构6个碳原子不在一个平面上了，这个是允许的吗？苯环扭曲了

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-16 00:08:19

少年爱吃地三鲜发表于 2019-10-15 15:05
借楼提问：请问老师，我的体系中带有苯环，请问在模拟过程中，苯环的结构6个碳原子不在一个平面上了，这 ...

轻微扭曲是正常的，扭曲得太厉害就是力场或者拓扑文件有问题了

勿忘心安 · 发表于 Post on 2019-10-19 11:03:06

sobereva 发表于 2019-10-15 00:31
你可以用packmol建，然后再导入M$
packmol建模可控性强得多，建这种体系相当容易，定向排列只需要对头尾原 ...

社长，你好。我这安装packmol出了问题，希望你能帮我解决。我的系统是win7，我在将路径加入到path环境变量后，运行不了，上面显示系统无法找到指定文件。还有我在cmd环境环境中输入packmol < test.inp；D:\packmol(我的路径)还是显示系统找不到指定路径。希望社长给予帮助，谢谢！！！

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-10-19 13:58:24

勿忘心安发表于 2019-10-19 11:03
社长，你好。我这安装packmol出了问题，希望你能帮我解决。我的系统是win7，我在将路径加入到path环境变 ...

Packmol在不在当前的目录下？运行packmol需要输入绝对路径，或者把packmol的可执行文件的路径加入到windows环境变量里

勿忘心安 · 发表于 Post on 2019-10-19 16:27:07

少年爱吃地三鲜发表于 2019-10-19 13:58
Packmol在不在当前的目录下？运行packmol需要输入绝对路径，或者把packmol的可执行文件的路径加入到windo ...

可是我已经输入了呀或者加入到用户环境变量中了，很奇怪唉

勿忘心安 · 发表于 Post on 2019-10-19 16:47:11

我不知道是不是这样操作的，我截图给你看，结果是找不到指定文件。希望帮我看看哪里出错了？

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-10-19 17:08:43

你的cmd 在路径上启动一下试试，直接在有。exe这个文件夹上面，把上面的路径删掉，然后cmd试试

liuyuje714 · 发表于 Post on 2019-10-19 18:51:30

这问题很简单的嘛，明显是指的找不到test.inp文件。首先你将inp放到一个文件夹，然后在该文件夹里面按住shift键，鼠标右键，选择在此处打开命令窗口。然后在该cmd窗口输入就完事了。

勿忘心安 · 发表于 Post on 2019-10-19 19:57:16

liuyuje714 发表于 2019-10-19 18:51
这问题很简单的嘛，明显是指的找不到test.inp文件。首先你将inp放到一个文件夹，然后在该文件夹里面按住shi ...

按社长的教程来讲是没有test.inp这个文件的吧，我是这么想的。他那个解压包解压只有.exe这一个文件，到哪里找test.inp文件?也不知道我说的是不是这个理，欢迎指导，谢谢。

勿忘心安 · 发表于 Post on 2019-10-19 20:13:04

少年爱吃地三鲜发表于 2019-10-19 17:08
你的cmd 在路径上启动一下试试，直接在有。exe这个文件夹上面，把上面的路径删掉，然后cmd试试

我已经直接在.exe上面的文件路径上做了修改，删掉填了cmd.好像还不行，主要我也第一次用这个软件，不知道装成功是啥样子的？

liuyuje714 · 发表于 Post on 2019-10-19 21:21:20

勿忘心安发表于 2019-10-19 19:57
按社长的教程来讲是没有test.inp这个文件的吧，我是这么想的。他那个解压包解压只有.exe这一个文件，到哪 ...

已经装好了，继续看那个帖子，inp文件是自己写的，帖子下面有，官网也有相关的实例。

diyuli · 发表于 Post on 2020-6-28 20:58:10

sobereva 发表于 2019-10-15 00:31
你可以用packmol建，然后再导入M$
packmol建模可控性强得多，建这种体系相当容易，定向排列只需要对头尾原 ...

老师，问一下，MS里无法实现定向排列分子的问题吗？
MS里优化后的结构再导出来在Packmol建定向排列分子的问题，再导回去吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-29 00:57:17

diyuli 发表于 2020-6-28 20:58
老师，问一下，MS里无法实现定向排列分子的问题吗？
MS里优化后的结构再导出来在Packmol建定向排列分子 ...

我基本不用M$。Packmol灵活得多得多
这么做可以

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