Gromacs在有机分子-磷脂DPPC的水体系做能量最小化时出现问题

chengyuseu

想请教一下各位老师，我在做gromacs的能量最小化后发现体系的结构出错。体系是有机分子-磷脂DPPC的水体系。

这个是添加完离子之后的结构


这个是加完离子能量最小化的结构，上下的水合并到一起了，本来在中间的磷脂DPPC分别到上面和下面了

用的下面的能量最小化mdp文件
integrator        = steep               
emtol                = 1000.0         
emstep                = 0.01         
nsteps                = 50000                  
nstlist                = 1                    
ns_type                = grid               
rlist                = 1.2               
coulombtype        = PME               
rcoulomb        = 1.2               
rvdw                = 1.2               
pbc                = xyz                 

最小化前后的gro文件论坛说格式限制就没有上传。麻烦老师们给看下，是哪里出现错误了，谢谢大家了~

sobereva

8成是一开始的结构文件有问题。注意gro文件里坐标是从(0,0,0)开始定义的，初始gro文件里的原子坐标原则上不应当有负值
mdp没显著问题

gro是典型的文本文件格式，如论坛首页公告栏明确所示，超过500KB的gro应当压缩后再上传，免得严重浪费论坛空间、导致别人下载慢。正因为很多人没有这基本常识、也不去注意这点，所以论坛禁止直接上传超过500KB的gro。

chengyuseu

sobereva 发表于 2020-7-10 04:28
8成是一开始的结构文件有问题。注意gro文件里坐标是从(0,0,0)开始定义的，初始gro文件里的原子坐标原则上不 ...

谢谢sob老师