安装ORCA 4.2.1 后运行测试文件，出错

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-3 16:23:26

本帖最后由风飞于 2020-7-4 14:25 编辑

老师，您好，
根据您的帖子http://sobereva.com/451 在centos 7.8 下安装ORCA 4.2.1 ，OpenMPI 已安装正确，相关环境变量设置如下，结果运行test的时候出现这种错误，请问怎么解决呢？出错提示是SCF出错，但这个是简单的大家都用的例子，按照道理来说结构应该是正确的，所以不知道是什么原因，请老师指教

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-7-3 16:45:00

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-7-3 16:54 编辑

你的mpiexec -V明明显示的是intel mpi，还说安装正确？

添加路径的时候，路径要在$PATH左边（搜索顺序是从左到右）。并且把intel mpi相关的环境变量注释掉。

plus · 发表于 Post on 2020-7-3 16:47:44

作业脚本倒数第三行去掉, intel/parallel_studio

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-7-3 16:51:14

本帖最后由喵星大佬于 2020-7-3 16:53 编辑

去把不知道那里的
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/compilers_and_libraries_xxxxx/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64(如果是默认路径的话)
注释掉然后重新进入终端
我不知道你写在哪里了，可能是~/.bashrc，也可能是/etc/profile.d/xxx.sh或者/etc/profile。反正这是因为你有intel编译器里的mpi所以有问题

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-3 19:46:18

老师，您好，抱歉之前是我的疏忽，我已经把之前的inter MPI 注释掉了，然后直接删除（单击右键，移动到回收站）了之前安装的openMPI，然后重新安装，因为下载下来的压缩文件格式是.gz格式的压缩文件，因此采用tar -xzf openmpi-3.1.4.tar.gz 进行解压得到openmpi-3.1.4 目录，然后进入该目录（openmpi-3.1.4），在终端输入make all install -j，结果总是出现“ *** 没有规则可以创建目标“all”。停止。” 我也试着输入make all 或者是 make all intall 都出现一样的提示说是“ *** 没有规则可以创建目标“all”。停止。” 我在网上查了一下，没找到合适的方法。

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-3 19:51:35

hebrewsnabla 发表于 2020-7-3 16:45
你的mpiexec -V明明显示的是intel mpi，还说安装正确？

添加路径的时候，路径要在$PATH左边（搜索顺序是 ...

您好，我为我之前的疏忽抱歉，最近才刚开始学习linux，有很多地方不是很清楚，
例如您刚刚说“添加路径的时候，路径要在$PATH左边（搜索顺序是从左到右）“ 我不是很明白
比如我的路径是：export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/room/openmpi314/lib
请问您觉得怎样改呢？

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-7-3 19:53:40

风飞发表于 2020-7-3 19:46
老师，您好，抱歉之前是我的疏忽，我已经把之前的inter MPI 注释掉了，然后直接删除（单击右键，移动到回收 ...

不需要重新安装啊……

你非要重装，之前怎么装的还怎么装呗

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-7-3 19:57:55

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-7-3 20:01 编辑

风飞发表于 2020-7-3 19:51
您好，我为我之前的疏忽抱歉，最近才刚开始学习linux，有很多地方不是很清楚，
例如您刚刚说“添加路径 ...

export LD_LIBRARY_PATH=/home/room/openmpi314/lib:$LD_LIBRARY_PATH

当然，你把其他的mpi都注释掉，放左边右边都无所谓了。

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-3 20:01:17

hebrewsnabla 发表于 2020-7-3 19:53
不需要重新安装啊……

你非要重装，之前怎么装的还怎么装呗

嗯，之前也是按照帖子来的，输入make all intsall -j，没有提示报错，结果可能是inter MPI 的原因，openMPI 没有装成功，这次我把inter MPI注释掉了，然后重新来输入 make all intsall -j 结果就提示出错了

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-3 20:02:18

hebrewsnabla 发表于 2020-7-3 19:57
export LD_LIBRARY_PATH=/home/room/openmpi314/lib:$LD_LIBRARY_PATH

当然，你把其他的mpi都注释掉， ...

恩，好的谢谢您

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-7-3 20:04:01

风飞发表于 2020-7-3 20:01
嗯，之前也是按照帖子来的，输入make all intsall -j，没有提示报错，结果可能是inter MPI 的原因，openM ...

安装openmpi和intel没有关系，没报错就是成功的。根本没必要重新安装。

安装的时候要先阅读README和INSTALL。

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-3 20:14:03

hebrewsnabla 发表于 2020-7-3 20:04
安装openmpi和intel没有关系，没报错就是成功的。根本没必要重新安装。

安装的时候要先阅读README和IN ...

其实我之前是先注释了inter MPI ，然后输入mpiexec -V 结果还是inter MPI，然后我就删除了，请问现在该怎么办呢？

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-7-3 20:17:05

风飞发表于 2020-7-3 20:14
其实我之前是先注释了inter MPI ，然后输入mpiexec -V 结果还是inter MPI，然后我就删除了，请问现在该 ...

注释以后要退出重新登录。

删了就没了。

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-3 21:02:20

hebrewsnabla 发表于 2020-7-3 20:17
注释以后要退出重新登录。

删了就没了。

您好，我在回收站把文件找回来了，然后修改PATH 路径并且注释了inter MPI 然后就可以了

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-3 21:02:35

最后，谢谢各位老师

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