求助：跑gmx的时候log文件里报一堆Large VCM(group rest)

FrancisLi

各位老师，想问下，我在cluster上跑gmx的时候，log文件里有一堆如下信息：

1. Large VCM(group rest):      0.11384,     -0.13695,     -0.48098, Temp-cm:  1.11069e+00

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但是目前我看slurm队列，我的任务还在跑，log里看也还在跑，只是每跑一帧都伴随着一堆large vcm的信息。之前在自己电脑上跑出来没遇到过这种情况，想问下一般是什么原因呀，是sbatch的script哪里有问题吗？谢谢！

如下是我的提交script：

1. #! /bin/bash -l
   
2. #SBATCH -p gpu
   
3. #SBATCH --job-name=try
   
4. #SBATCH --ntasks 1   #Number of cores
   
5. #SBATCH -t 133:30:00
   
6. #SBATCH --mem=15g
   
7. 
   
8. module load gromacs
   
9. module load cuda/10.2
   
10. module load gcc
    
11. 
    
12. gmx genconf -f *.pdb -o min.gro
    
13. 
    
14. gmx grompp -f mini.mdp -c min.gro -p sys.top -o em -po miniout.mdp
    
15. 
    
16. gmx mdrun -s em.tpr -deffnm em
    
17. 
    
18. gmx grompp -f eql.mdp -c em.gro -p sys.top -o eql -po eqlout.mdp
    
19. 
    
20. gmx mdrun -s eql.tpr -deffnm eql -nt 10 -pin on -pinoffset 0 -pinstride 1 -gpu_id 0 -update gpu

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Frozen-Penguin

http://bbs.keinsci.com/thread-10732-1-1.html
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FrancisLi

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-2 12:26
http://bbs.keinsci.com/thread-10732-1-1.html
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非常感谢！不过我mdp文件里并没有写comm，按理说应该是默认的才对，不知道是什么情况。我写出来试试看会不会好。