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[GROMACS] gromacs遇到没找到原子类型应该怎么解决

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老师,我想用mktop脚本生成BF4阴离子的opls力场下的top,可是软件说不能找到原子类型,这种情况应该怎么解决呢?有哪些具体的解决方法呢?如果是要在opls力场中补充这两种元素,具体应该在哪些文件的什么位置补充呢?

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发表于 Post on 2020-7-13 09:24:39 | 只看该作者 Only view this author
本来mktop基于的OPLS-AA和AMBER03力场就都不支持硼。无解。
如果你是想要模拟离子液体中的[BF4]-,有现成的离子液体力场,根本不需要自己这样搞。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-13 11:06:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-13 09:24
本来mktop基于的OPLS-AA和AMBER03力场就都不支持硼。无解。
如果你是想要模拟离子液体中的-,有现成的离子 ...

老师,请问那个力场支持BF4呀?我是想模拟离子液体在CNT中的传输,所以才想用OPLS力场

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发表于 Post on 2020-7-13 11:16:17 | 只看该作者 Only view this author
OPLS-2009IL:JCTC, 5, 1038 (2009)
0.8*OPLS-2009IL:JCTC, 13, 6131 (2017)
OPLS-VSIL:JPCB, 122, 2962 (2018)

OPLS2009-IL、0.8*OPLS-2009IL、OPLS-VSIL的GROMACS力场包
https://github.com/orlandoacevedo/IL

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