液液两相体系建模问题

孙宝刚

老师好，我向建立一个有机相与水相的两相体系（两相体积相同），想用packmol建模，怎么选择插入的有机分子数量和水分子的数量呢。我之前试过500水分子500有机物分子在做NPT（只控制z方向压强）时盒子在z方向变得很长而且水分子也散开（有机物分子没有散）如图。请老师指点

npt.mdp内容如下：
cpp                 =  cpp
constraints         = all-bonds
constraint_algorithm =  LINCS
integrator          =  md
dt                  =  0.0002   
nsteps              =  500000  
nstxout             =  200
nstvout             =  200
nstfout             =  200
nstlog              =  200
nstenergy           =  200
nstxtcout           =  2000
nstlist             =  10
ns_type             =  grid
coulombtype         =  PME
rlist               =  0.9
rcoulomb            =  1.0
rvdw                =  1.0
pbc                 = xyz
optimize_fft        = yes
nstcomm             = 1
comm-grps           = system
; Berendsen temperature coupling is on
tcoupl              =  v-rescale
tc-grps             =  system
tau_t               =  0.1
ref_t               =  298
; Semiisotropic pressure coupling is now on
Pcoupl              =  Parrinello-Rahman
Pcoupltype          =  semiisotropic   
tau_p               =  2.0              
compressibility     =  0 4.5e-5         
ref_p               =  1.0 1.0        
energygrps          =  system
; Generate velocites is on at 300K.
gen_vel             =  yes
gen_temp            =  298
gen_seed            =  173529
periodic_molecules  = yes

sobereva

根据纯物质状态的质量密度、分子质量，换算成加入的有机分子和水分子数

绝对不要用constraints         = all-bonds，公社论坛之前我回复过很多次

dt                  =  0.0002莫名其妙，用这么小步长干嘛，一般都用0.002

若无特殊情况，rlist也设成1.0

体系都还没平衡，甭用PR压浴

甭用gen_vel             =  yes。老老实实从0K线性升温

periodic_molecules  = yes根本就不是用在当前场合的


你的mdp问题太多，不懂的不要瞎写

孙宝刚

Sob老师我计算了分子的实际数量。盒子大小为50 50 100，有机相与水相等体积得出水分子为836个 甲苯分子为142个。并且修改了npt的mdp文件，NPT后得到下图，水分子与甲苯分子在横向汇集不知道哪里错了请老师指点。
npt.mdp内容如下

define                  = -DPOSRES  ; position restrain the p507
constraints         = h-bonds
constraint_algorithm =  LINCS
integrator          =  md
dt                  =  0.002   
nsteps              =  500000  
nstxout             =  200
nstvout             =  200
nstfout             =  200
nstlog              =  200
nstenergy           =  200
nstxtcout           =  2000
nstlist             =  10
ns_type             =  grid
coulombtype         =  PME
rlist               =  1.0
rcoulomb            =  1.0
rvdw                =  1.0
pbc                 = xyz
optimize_fft        = yes
nstcomm             = 1
comm-grps           = system
; Berendsen temperature coupling is on
tcoupl              =  v-rescale
tc-grps             =  system
tau_t               =  0.1
ref_t               =  300
; Semiisotropic pressure coupling is now on
Pcoupl              =  Berendsen   
Pcoupltype          =  semiisotropic   
tau_p               =  2.0              
compressibility     =  0   4.5e-5        
ref_p               =  1.0  1.0        ;
energygrps          =  system
; Generate velocites is on at 300K.
gen_vel             =  no