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[GROMACS] 求助gromacs中如何等距地从轨迹中抽取帧

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我用pull命令得到一对分子沿直线运动的轨迹后,如何从中抽出质心距离相等的帧?有没有快速一点的方法或小工具呢

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发表于 Post on 2020-7-18 10:44:55 | 只看该作者 Only view this author
如果你是指等间距来抽,自己写个VMD tcl脚本完成。循环所有帧,根据距离条件writepdb存出来结构就完了。没有比这更简单的方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-18 11:01:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-18 10:44
如果你是指等间距来抽,自己写个VMD tcl脚本完成。循环所有帧,根据距离条件writepdb存出来结构就完了。没 ...

谢谢老师,那请问伞形采样是否一定需要每个窗口都是等距离的呢?

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