如何在模拟过程中根据体系自由能实时改变系统温度？

sweetbotsu · 发表于 Post on 2021-4-7 23:05:43

大概是每隔几纳秒就要改变热库的温度，此处温度不是模拟退火里的可以提前设定的温度，而是要根据模拟完成后体系自由能来计算，请问有没有什么好方法？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-8 03:22:45

只能自己写个shell脚本，反复产生输入文件、运行任务、根据提取的数据自动修改mdp

sweetbotsu · 发表于 Post on 2021-4-8 15:47:05

sobereva 发表于 2021-4-8 03:22
只能自己写个shell脚本，反复产生输入文件、运行任务、根据提取的数据自动修改mdp

好吧，谢谢sob老师，
这个方法太慢了，今天和导师讨论了一下，认为这个方法太慢了，决定换成LAMMPS，用里边现成的GCE包

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-10 06:14:07

怎么就太慢了？
gromacs计算速度远远快于lammps，自己写个脚本自动做这个事（也就超不过20行），每次自动重新产生tpr文件然后继续开始计算也就耗几秒钟的时间，不比换成lammps快得多得多？假设一天跑100ns，重新跑的次数也就几十次，也就多花一分钟额外的耗时

sweetbotsu · 发表于 Post on 2021-4-10 13:54:29

sobereva 发表于 2021-4-10 06:14
怎么就太慢了？
gromacs计算速度远远快于lammps，自己写个脚本自动做这个事（也就超不过20行），每次自动 ...

sob老师，是这样的，导师修改了我的想法，是每隔几十步甚至几步（步长2fs）就要修改系统温度，lammps上实现了每步改变温度的包，但是gromacs还没有

lyj714 · 发表于 Post on 2021-4-10 14:47:17

fs级别的改变温度不是shell脚本能够干的事，也不现实。除非自己有能力改gmx源码，否则另辟蹊径

sweetbotsu · 发表于 Post on 2021-4-11 23:21:29

lyj714 发表于 2021-4-10 14:47
fs级别的改变温度不是shell脚本能够干的事，也不现实。除非自己有能力改gmx源码，否则另辟蹊径

嗯嗯，我改用lammps了，谢谢您

panernie · 发表于 Post on 2021-4-12 15:56:46

gromacs退火模拟可以控温，多长时间改变温度

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