求助：在Avogadro导入的cif文件提取坐标，因为晶格周期性原因导致这个分子分成两部分

xuanzi · 发表于 Post on 2020-12-21 09:02:47

C:\Users\xuanzi\Desktop\图片1.png

xuanzi · 发表于 Post on 2020-12-21 09:04:09

想得到这个完整的分子坐标应该怎么处理？谢谢

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-12-21 09:20:50

xuanzi 发表于 2020-12-21 09:04
想得到这个完整的分子坐标应该怎么处理？谢谢

不熟悉Avogadro里怎么做（能不能做）。如果是分子晶体（分子本身无周期性）没有无序、分数占据数、缺氢之类的问题，用Chem3D打开保存成别的非周期性格式就可以了；如果有的话可以用Olex2打开compaq一下，然后处理无序、占据数等等。

xuanzi · 发表于 Post on 2020-12-21 15:18:02

liyuanhe211 发表于 2020-12-21 09:20
不熟悉Avogadro里怎么做（能不能做）。如果是分子晶体（分子本身无周期性）没有无序、分数占据数、缺氢之 ...

感谢，一般从cif文件都是用chem3D提取坐标嘛？

greatqi · 发表于 Post on 2020-12-22 09:35:23

应该可以通过vesta来获取坐标的。Gaussview应该可以做的/

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[新手求助] 求助：在Avogadro导入的cif文件提取坐标，因为晶格周期性原因导致这个分子分成两部分