计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 18929|回复 Reply: 18
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 用def2TZVP这样来定义金属cu和非金属碘合理吗?

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

71

eV
积分
83

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
最近用高斯算一个体系,在碘未出现前换算过后能量是合理的,但是加入碘之后的能量就变得很诡异,怀疑是碘的基组或者极化系数的问题,求大神解疑
  Cu I 0
  def2tzvp
  ****
  Cu 0
  f 1 1.0
  3.525 1.0
  ****
  I 0
  d 1 1.0
  0.289 1.0
  ****


2494

帖子

11

威望

7054

eV
积分
9768

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2017-7-11 08:45:04 | 只看该作者 Only view this author
def2-TZVP的极化函数已经很合理了,没必要加入更多的极化函数。如果十分想要,莫不如用cc-pVTZ

另外,对于铜和碘原子来说,用赝势基组更加的方便,计算结果也不错

12

帖子

0

威望

71

eV
积分
83

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 08:54:00 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2017-7-11 08:45
def2-TZVP的极化函数已经很合理了,没必要加入更多的极化函数。如果十分想要,莫不如用cc-pVTZ

另外,对 ...

def2-TZVP对前四周期元素是全电子基组,那意思就是cu和碘I在这里是全电子基组?我试过去掉极化函数来算,结果也是不如人意,可能真如娃娃所说,要换成cc-pVTZ会好些

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2017-7-11 08:59:09 | 只看该作者 Only view this author
def2tzvp对I和Cu本来就有极化函数,你这样多此一举,还可能造成结果更烂

而且不知道你定义赝势没有,这么写对I只定义了赝势基组而没定义赝势,结果会完全错误

这和改用cc-pVTZ没有丝毫关系
cc-pVTZ对I根本没有定义,除非你用-PP版。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2494

帖子

11

威望

7054

eV
积分
9768

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2017-7-11 08:59:58 | 只看该作者 Only view this author
shengwenyang 发表于 2017-7-11 08:54
def2-TZVP对前四周期元素是全电子基组,那意思就是cu和碘I在这里是全电子基组?我试过去掉极化函数来算, ...

试试赝势基组能更好一点,SDD就不错。

如果非要用全电子基组,大可以用赝势基组下优化好的几何后在全电子基组下做一个单点。

12

帖子

0

威望

71

eV
积分
83

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 09:09:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-11 08:59
def2tzvp对I和Cu本来就有极化函数,你这样多此一举,还可能造成结果更烂

而且不知道你定义赝势没有,这 ...

谢谢Sob老师,我之前查文献知道已经包含极化函数,一开始没给Cu和I加极化函数,能量出现问题后就加回来试试,这是我优化的#p opt(maxstep=1) B3LYP gen pseudo=read scrf=(smd,solvent=dichloromethane),单点能#p M06 gen pseudo=read EmpiricalDispersion=GD3 scrf=(smd,read,solvent=dichloromethane),都已经定义赝势,不知道哪里有误,麻烦Sob老师指点

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2017-7-11 09:15:20 | 只看该作者 Only view this author
shengwenyang 发表于 2017-7-11 09:09
谢谢Sob老师,我之前查文献知道已经包含极化函数,一开始没给Cu和I加极化函数,能量出现问题后就加回来试 ...


参考我4L说的,把你最终写好的完整输入文件贴上来
最省事就是直接写比如B3LYP/def2TZVP,这时候所有原子都用def2TZVP,该用赝势的也直接用赝势了,看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

0

威望

71

eV
积分
83

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 09:30:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-11 09:15
参考我4L说的,把你最终写好的完整输入文件贴上来
最省事就是直接写比如B3LYP/def2TZVP,这时候所有原 ...

Sob老师,这是我的的单点能输入文件,我现在先试一下用def2TZVP来定义全部原子

IN-5a-spe-d.gjf

3.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 129

单点能

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2017-7-11 10:17:17 | 只看该作者 Only view this author
shengwenyang 发表于 2017-7-11 09:30
Sob老师,这是我的的单点能输入文件,我现在先试一下用def2TZVP来定义全部原子

写ExternalIteration、TABS=253.15毫无意义
当前没给I定义赝势,结果完全错误
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

0

威望

71

eV
积分
83

Level 2 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 11:31:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-11 10:17
写ExternalIteration、TABS=253.15毫无意义
当前没给I定义赝势,结果完全错误

谢谢Sob老师,没考虑到还需要给I定义赝势,找到问题根源很感谢Sob的指导,谢谢。

12

帖子

0

威望

71

eV
积分
83

Level 2 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 11:31:59 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2017-7-11 08:45
def2-TZVP的极化函数已经很合理了,没必要加入更多的极化函数。如果十分想要,莫不如用cc-pVTZ

另外,对 ...

谢谢娃娃的耐心解答,谢谢

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

12#
发表于 Post on 2017-7-11 12:46:07 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2017-7-11 08:45
def2-TZVP的极化函数已经很合理了,没必要加入更多的极化函数。如果十分想要,莫不如用cc-pVTZ

另外,对 ...

def2-TZVP对I本来就是赝势基组吧。
另外对价层描述接近的赝势基组和全电子基组,在后者不单独考虑相对论的情况下,对周期较高的元素结果是不是还没有前者好?

1102

帖子

18

威望

6703

eV
积分
8165

Level 6 (一方通行)

計算化学の社畜

13#
发表于 Post on 2017-7-11 12:52:24 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-7-11 12:46
def2-TZVP对I本来就是赝势基组吧。
另外对价层描述接近的赝势基组和全电子基组,在后者不单独考虑相对论 ...

对,第五周期开始的元素要考虑相对论效应,如果全电子基组的话,需做标量相对论
Stand on the shoulders of giants

2494

帖子

11

威望

7054

eV
积分
9768

Level 6 (一方通行)

14#
发表于 Post on 2017-7-11 13:02:45 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-7-11 12:46
def2-TZVP对I本来就是赝势基组吧。
另外对价层描述接近的赝势基组和全电子基组,在后者不单独考虑相对论 ...

def2-TZVP对碘是赝势基组

PS:李大博士现在越来越谦虚了

744

帖子

21

威望

5351

eV
积分
6515

Level 6 (一方通行)

15#
发表于 Post on 2017-7-11 16:28:53 | 只看该作者 Only view this author
我记得gaussian09.a等几个早期版本的def2系列基组有问题,重元素遗漏了ecp,结果错误。后来的09.d、09.e版本是正常的。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 22:17 , Processed in 0.173397 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list