计算比较大的含有卤键的体系的能量，用什么基组比较合适

VincenzoChen · 发表于 Post on 2021-8-12 19:06:50

各位老师，我想用orca计算含有卤键体系的能量，体系比较大，有两三百个左右的原子，目前选用的是def2-TZVP基组，不知道合不合适？是否需要用混合基组给卤素加弥散？另外如果我想单纯优化一下体系的氢原子选择什么基组会比较好一些，我选择的是def2-SVP？
如果不只是优化氢，而是要对体系中某个fragment进行优化，又该选择什么基组呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-12 19:30:58

大多数直接算着费劲的大体系，总能通过恰当使用混合基组显著节约时间。但没有体系具体特征信息，谁也没法准确建议该怎么做
算能量也得说清楚实际目的是什么
显然对不感兴趣的地方用def2-TZVP会造成明显浪费

VincenzoChen · 发表于 Post on 2021-8-13 09:36:03

sobereva 发表于 2021-8-12 19:30
大多数直接算着费劲的大体系，总能通过恰当使用混合基组显著节约时间。但没有体系具体特征信息，谁也没法准 ...

体系包含卤苯以及周围的氨基酸，是从晶体结构得到的，主要的目的是想考察体系中卤键的强度。因为手动加了氢，所以向单纯优化一下氢的位置，但是不知道用什么基组比较合适。另一方面也想尝试保持pocket部分不动，优化一下卤苯的位置，这个时候又该选择什么基组呢

VincenzoChen · 发表于 Post on 2021-8-13 09:38:59

本帖最后由 VincenzoChen 于 2021-8-13 10:21 编辑

sobereva 发表于 2021-8-12 19:30
大多数直接算着费劲的大体系，总能通过恰当使用混合基组显著节约时间。但没有体系具体特征信息，谁也没法准 ...

因为是把离卤苯较近的pocket的氨基酸抠出来了，虽然我们关注卤键的强度，但是因为卤苯的苯环也会和体系有相互作用，所以基本上可以认为整个体系都是我们感兴趣的地方，所以基组就全部用了def2-TZVP。现在主要想的是是不是要给卤素加上弥散。以及优化氢和片段结构的时候是不是需要考虑弥散

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-13 22:46:21

VincenzoChen 发表于 2021-8-13 09:36
体系包含卤苯以及周围的氨基酸，是从晶体结构得到的，主要的目的是想考察体系中卤键的强度。因为手动加了 ...

固定重原子优化氢的位置，用def2-SVP就完全够了

pocket部分可以用def2-TZVP，实际上更便宜的def2-TZVP(-f)也完全够了

完全不需要弥散。弱相互作用体系我总是建议用3-zeta不带弥散做优化，精度也够，耗时也不高。

什么时候需要弥散这里明确说了
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

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