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[Multiwfn使用咨询] 分子表面上的静电势统计数据的含义问题

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输出每个原子附近的分子表面上的静电势统计数据,一共有三部分数据,请问每一部分具体的含义是什么?

第一部分
Note: The atoms having zero surface area are not shown below
Note: Minimal and maximal value below are in kcal/mol
  Atom#    All/Positive/Negative area (Ang^2)  Minimal value   Maximal value
      1     20.37714    20.29080     0.08634     -2.24366584     23.71304799
      4     13.94711    13.94711     0.00000     10.98734328     28.20650391
第二部分
Note: Average and variance below are in kcal/mol and (kcal/mol)^2 respectively
  Atom#    All/Positive/Negative average       All/Positive/Negative variance
      1     5.53787    5.56408   -0.62212      19.87246   19.66473    0.20774
      4    20.48838   20.48838        NaN           NaN   15.64469        NaN

第三部分
Note: Internal charge separation (Pi) is in kcal/mol, miu = Balance of charges
  Atom#           Pi              miu         miu*sigma^2
      1         3.508690        0.010344        0.205567
      4         3.454504             NaN             NaN


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发表于 Post on 2017-12-14 17:53:20 | 只看该作者 Only view this author
就是1号、4号原子对应的局部分子表面区域中,静电势最大值/最小值、总的/正值/负值部分面积、总的/正值/负值部分方差等等。你能读懂整个分子表面上的统计数据,也就会自然而然明白局部分子表面上这些量的含义,只不过是统计范围从整个分子表面改成了局部分子表面而已。

那些统计数据的含义在手册3.15.1节有详细介绍。
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发表于 Post on 2019-9-18 16:11:03 | 只看该作者 Only view this author
请问在输出文件里有一个“Overall average value: ”,它的数值和第二部分“ All/Positive/Negative average ”有什么关系?在第二部分中为何会有一些原子的数值没有给出呢

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发表于 Post on 2019-9-18 18:52:29 | 只看该作者 Only view this author
Amiswen 发表于 2019-9-18 16:11
请问在输出文件里有一个“Overall average value: ”,它的数值和第二部分“ All/Positive/Negative averag ...

overall是对整个表面进行分析,All/Positive/Negative average是对各个原子对应的局部表面进行分析。
有些原子被埋在体系内部,不直接接触表面,自然没法输出。所以输出中专门有一句提示Note: The atoms having zero surface area are not shown below
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发表于 Post on 2019-9-18 20:18:58 | 只看该作者 Only view this author
谢谢回复!明白了一点。埋在体系内部的原子也包含All/Positive/Negative average,只是没法输出。所以overall average是包含了所有原子的平均值

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发表于 Post on 2019-9-19 16:32:55 | 只看该作者 Only view this author
Amiswen 发表于 2019-9-18 20:18
谢谢回复!明白了一点。埋在体系内部的原子也包含All/Positive/Negative average,只是没法输出。所以overa ...

有两点再明确一下:
overall average是直接对整个分子表面而言的,这里不牵扯原子的概念
内部的原子本来就不挨着表面,注定没法做局部分子表面分析,因此不是不输出All/Positive/Negative average,而是根本连算都没法算、根本没法定义
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发表于 Post on 2019-10-7 16:01:07 | 只看该作者 Only view this author
感谢老师的回复。还有一个疑问,如果对All/Positive/Negative average下面列出的所有原子的all average的数值做加和可以代表体系的整体静电势数值吗,这样是否有意义?

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发表于 Post on 2019-10-8 07:38:49 | 只看该作者 Only view this author
Amiswen 发表于 2019-10-7 16:01
感谢老师的回复。还有一个疑问,如果对All/Positive/Negative average下面列出的所有原子的all average的数 ...

加和没有意义,平均值是不可加和的

整体的分子表面静电势统计信息在屏幕上直接就有,完全没必要自己手动算
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发表于 Post on 2019-10-8 17:13:10 | 只看该作者 Only view this author
再次感谢老师的耐心回复!整体的分子表面静电势统计信息是“Overall average value”?

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发表于 Post on 2019-10-9 08:48:47 | 只看该作者 Only view this author
Amiswen 发表于 2019-10-8 17:13
再次感谢老师的耐心回复!整体的分子表面静电势统计信息是“Overall average value”?

刚做完定量分子表面分析屏幕上直接就输出了,仔细看
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
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发表于 Post on 2020-8-3 10:29:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-9 08:48
刚做完定量分子表面分析屏幕上直接就输出了,仔细看
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、 ...

老师,对于给体和受体二聚物,两者直接静电势差越大,越有利于激子解离。那么有两个给体的情况下,怎么比较每个给体和受体静电势差的多,应该看哪个数据?

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发表于 Post on 2020-8-4 03:23:04 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2020-8-3 10:29
老师,对于给体和受体二聚物,两者直接静电势差越大,越有利于激子解离。那么有两个给体的情况下,怎么比 ...

静电势是三维函数,没有唯一标准去衡量分子的数值。就算拿表面静电势极大点、局部区域表面静电势平均值等指标讨论,也得结合具体分子和问题才能判断这么讨论是否有意义。
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