求助如何制作粗粒化结构的坐标文件？

freemangran · 发表于 Post on 2020-8-17 11:29:17

这两天经过努力，勉强写好了粗粒化结构的itp文件，但是遇到一个问题，就是没有坐标文件，想请问一下怎么去构建一个粗粒化结构的坐标文件，pdb或者gro格式的文件，谢谢各位！MS可以构建但好像没办法导出。

紫丹渡津 · 发表于 Post on 2020-8-17 12:00:55

本帖最后由紫丹渡津于 2020-8-17 12:01 编辑

拓扑文件都有了，剩下的就太简单了，用Avogadro或者别的什么可视化软件画一下就行，画的时候记住要对应itp文件的原子顺序。画完得到单个结构的坐标文件，然后再用packmal构建模拟盒子就行了。此外，跟是不是粗粒化体系没有关系。

freemangran · 发表于 Post on 2020-8-17 12:28:56

紫丹渡津发表于 2020-8-17 12:00
拓扑文件都有了，剩下的就太简单了，用Avogadro或者别的什么可视化软件画一下就行，画的时候记住要对应itp ...

好的，谢谢前辈的指导

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