计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8497|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 求助探究反应物结构对反应的影响的有效的分析方法

[复制链接 Copy URL]

128

帖子

0

威望

1486

eV
积分
1614

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
老师好,我现在做的计算想探究反应物结构对反应的影响,查了相关文献,这方面的工作比较少没有参考性,我做了CDA分析,但是结果和我的计算结果趋势不太吻合,我想请教一下老师,能有什么分析是可以综合考虑熵和焓的影响的方法呢?或者说能考虑除了电荷以外,比如构型和氢键等的影响的方式呢?谢谢老师。

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

2#
发表于 Post on 2020-8-26 20:00:51 | 只看该作者 Only view this author
都算了结构了,做个振动分析算自由能啊

128

帖子

0

威望

1486

eV
积分
1614

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-26 21:33:02 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-8-26 20:00
都算了结构了,做个振动分析算自由能啊

这个做过了

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125128

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2020-8-27 01:17:14 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“有效的分析方法”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125128

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2020-8-27 01:20:15 | 只看该作者 Only view this author
没有具体结构,这么大的话题没法空谈

若要讨论熵和焓,把不同情况的熵垒和焓垒都算出来进行对比。另外Shermo可以把不同振动模式对热力学校正量的贡献给出,可以结合振动模式试图做一些分析
适当情况下Distortion/Interaction分析也可以做。波函数分析哪些能派上用场看具体情况。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

128

帖子

0

威望

1486

eV
积分
1614

Level 5 (御坂)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-27 02:31:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-27 01:17
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反 ...

谢谢您,我下次注意

128

帖子

0

威望

1486

eV
积分
1614

Level 5 (御坂)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-27 02:40:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-27 01:20
没有具体结构,这么大的话题没法空谈

若要讨论熵和焓,把不同情况的熵垒和焓垒都算出来进行对比。另外Sh ...

谢谢您,我是计算了两类反应物不同官能团取代对反应能垒高低的影响,自由能之类的全是用Shermo算的,结果发现能垒随着取代基是有一定变化规律的,我本打算从电荷入手,所以尝试做了CDA,结果不太吻合,猜测应该是还有其他因素,我试着算一下熵垒和势垒比较一下。另外我想问问Distortion/Interaction能用multiwfn实现吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125128

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2020-8-28 04:03:12 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2020-8-27 02:40
谢谢您,我是计算了两类反应物不同官能团取代对反应能垒高低的影响,自由能之类的全是用Shermo算的,结果 ...

Multiwfn没有这个功能。
这个分析是能量层面的分析,目前有一些现成的程序,比如
ExcelAutomat DOI:10.1002/jcc.25546
PyFrag 2019 DOI: 10.1002/jcc.25871
不过我自己没用过,以后我单独写个更好用的程序
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

128

帖子

0

威望

1486

eV
积分
1614

Level 5 (御坂)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-28 16:54:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-28 04:03
Multiwfn没有这个功能。
这个分析是能量层面的分析,目前有一些现成的程序,比如
ExcelAutomat DOI:10. ...

谢谢您,期待老师的程序

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 03:05 , Processed in 0.161032 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list