关于双层膜的几个问题

Phil宏爷

最近刚开始着手学习关于小分子穿膜方面的动力学。首先，建膜使用的是Sob老师提到的《genmem》软件，版本是1.0，做出来的膜有几个问题想请教一下老师：
1：首先，老板拿到建立的膜，说放到gromacs里面立马报错，说是估计无法生成top文件。请问这个软件建立的膜可不可以拿到gromacs里面按照普通的蛋白质一样跑一次？因为老板让我拿溶菌酶的例子的方法跑这个膜，这样可行吗？在教程的最后面Sob老师提到，其实构建出来的膜，在最后做MD的时候用非常小的步长，比如 0.4fs，稍微跑一下局部的不合理也就解决了，那么这样做具体还有什么意义吗？（按照溶菌酶的例子，第一步就出错，第一步是：gmx pdb2gmx -f A.pdb -o A.gro -water spce，其中A代表的是生成的膜）
2：鉴于报错，老板说可能是没有定义每一条链的itp造成的，他说让我取生成的膜的其中一条链来生成itp文件，就是取其中某一条链来定义itp。我想问一下这样做可行吗？如果可行，我该如何取链？取哪一条链？
3：老板还同时让我自己做双层膜，说将脑磷脂卵磷脂分别用高斯优化，然后自己做膜。我想问一下，如果单凭这两个成分去慢慢构建双层膜可行吗？如果可行，做出来的膜会和genmem软件生成的膜有多大区别？
4：老板又想到用SDS（表面活性剂）建膜，对于SDS我还具体不太了解。想请教一下老师，SDS建膜可行吗？如果可行的话应该如何取操作？


我们只是想看看一个小分子药物穿过膜的简单动力学，我想请问一下各位老师，应该采取哪种可行的方法去构建膜。

由于我还在初级学习中，具体的也不太懂，以上都是个人观点，如果有错误的地方，希望老师能够指出来，万分感谢！

sobereva

1、2 不能那么直接当蛋白来建，方法完全不同。体系中的磷脂是重复的小分子，就如同水分子一样，所以这些磷脂分子共用同一个itp，即itp只定义一个磷脂。实际上你是先得到了单个磷脂的结构才用genmem建的膜，所以膜里面每个链初始结构都一样，你拿哪个获得磷脂的itp文件都一样。

模拟一开始先最小化，然后做MD，如果MD马上就崩，先用很小的步长，把内部斥力消掉，跑一阵后然后再用比如2fs。

3 混合膜用genmixmem建
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

4 SDS一样能建，genmem是普适的，自行用ATB生成SDS的itp文件就行。

Phil宏爷

sobereva 发表于 2015-10-12 21:48
1、2 不能那么直接当蛋白来建，方法完全不同。体系中的磷脂是重复的小分子，就如同水分子一样，所以这些磷 ...

谢谢老师。我先拿单条磷脂链建itp文件试试。不过还想问一下，如果用SDS来建膜，可以用genmem这个软件吗？还是用其他软件？

sobereva

Phil宏爷 发表于 2015-10-14 10:32
谢谢老师。我先拿单条磷脂链建itp文件试试。不过还想问一下，如果用SDS来建膜，可以用genmem这个软件吗？ ...

genmem、genmixmem是普适的，对分子类型没限制。只不过是把分子按规则排列而已。

Phil宏爷

sobereva 发表于 2015-10-14 12:44
genmem、genmixmem是普适的，对分子类型没限制。只不过是把分子按规则排列而已。

我试试，谢谢sob老师。

ruanyang

http://bioinf.modares.ac.ir/software/mb2/

ruanyang

Sob老师的程序严格的来说是得到膜的各个原子的坐标，这一点你需要搞清楚。