求助想获得碳酸氢根的力场参数-charmm力场

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-6-30 10:06:08

我使用的软件是namd，用的力场为charmm36，我想获得碳酸氢根的力场参数，要怎么获得呢。

我知道可以通过cgenff获得小分子的力场，但是这小分子一般都是中性分子，而碳酸氢根是负一价，请问要怎么获得这个力场参数呢，非常感谢。

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-6-30 10:26:01

把小分子提交到这里试试 https://cgenff.umaryland.edu/initguess/

“小分子一般都是中性分子”显然是不对的

k64_cc · 发表于 Post on 2020-6-30 10:36:16

可以考虑拟合一发。
只要不是NQE特别强的分子，效果看起来还挺好的。

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jz5010945

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-7-1 09:26:52

fhh2626 发表于 2020-6-30 10:26
把小分子提交到这里试试 https://cgenff.umaryland.edu/initguess/

“小分子一般都是中性分子”显然是不 ...

你好，请问我有一个小分子，我用cgenff生成力场，可是我生成psf的时候，报错，说是unknown aton type HGP1，我看了下，HGP1是指氢原子，可是这个没有问题呀，谁可以解释下吗，谢谢

另外top_all36_cgenff.rtf这个力场文件中也有这个定义，谢谢

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-7-1 12:13:48

chw985550192 发表于 2020-7-1 09:26
你好，请问我有一个小分子，我用cgenff生成力场，可是我生成psf的时候，报错，说是unknown aton type HGP ...

top_all36_cgenff.rtf这个文件也要读

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-7-2 09:54:45

fhh2626 发表于 2020-7-1 12:13
top_all36_cgenff.rtf这个文件也要读

很感谢你的回答，我测试是一个乳酸的体系，我发现进行能量最小化时，乳酸的结构变化很大，导致后边的能量啥的输出都为零，这是因为cgenff力场对乳酸分子不合适吗，谢谢。C:\Users\chw\Desktop\4

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-7-2 09:55:40

fhh2626 发表于 2020-7-1 12:13
top_all36_cgenff.rtf这个文件也要读

C:\Users\chw\Desktop\4\123.png

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-7-2 10:07:04

chw985550192 发表于 2020-7-2 09:54
很感谢你的回答，我测试是一个乳酸的体系，我发现进行能量最小化时，乳酸的结构变化很大，导致后边的能量 ...

在生成的top文件里面加上auto angle dihedral

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-7-2 15:18:54

本帖最后由 chw985550192 于 2020-7-2 15:46 编辑

fhh2626 发表于 2020-7-2 10:07
在生成的top文件里面加上auto angle dihedral

您好，按照你说的，在top文件加上这句话，跑出来的结构和只有是一样的

MASS  -1  O2chw    15.99940 O ! carbonyl O: amides, esters, [neutral] carboxylic acids, aldehydes, uera
MASS  -1  C1chw    12.01100 C ! carbonyl C: esters, [neutral] carboxylic acids

auto angle dihedral

RESI LAC    0.000 ! param penalty=  38.200 ; charge penalty=  16.655
GROUP          ! CHARGE CH_PENALTY
ATOM C1    C1chw 0.605726! 10.374

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-7-2 18:53:16

chw985550192 发表于 2020-7-2 15:18
您好，按照你说的，在top文件加上这句话，跑出来的结构和只有是一样的

MASS -1 O2chw 15.99940 ...

你要不把pdb，psfgen和top文件发上来看看

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-7-2 22:17:49

本帖最后由 chw985550192 于 2020-7-3 11:02 编辑

fhh2626 发表于 2020-7-2 18:53
你要不把pdb，psfgen和top文件发上来看看

其中LAC表示乳酸，LAC.str是其力场文件，通过cgenff生成，只不过我将其中的原子命名修改了

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-7-3 10:57:59

fhh2626 发表于 2020-7-2 18:53
你要不把pdb，psfgen和top文件发上来看看

不好意思打扰了，我已经把文件传给你了，请问您看出了是那有问题吗，谢谢

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-7-3 13:33:14

chw985550192 发表于 2020-7-3 10:57
不好意思打扰了，我已经把文件传给你了，请问您看出了是那有问题吗，谢谢

没发现生成的文件有什么问题，你确定用这个文件跑结构会不正常？

mixture_LAC.pdb (7.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

mixture_LAC.psf (22.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-7-3 21:31:19

是的，我跑最小化的时候就会出现上述的构型变化，我已经把参数文件发给你了，您可以试试。

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-9-15 21:01:17

chw985550192 发表于 2020-7-3 21:31
是的，我跑最小化的时候就会出现上述的构型变化，我已经把参数文件发给你了，您可以试试。

您好，我想问下这个param penalty值过大是怎么解决的？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[NAMD] 求助想获得碳酸氢根的力场参数-charmm力场

浏览过的版块

[NAMD] 求助 想获得碳酸氢根的力场参数-charmm力场

浏览过的版块

[NAMD] 求助想获得碳酸氢根的力场参数-charmm力场