如何用lammps的轨迹文件做出将原子投射到某一表面的RMSD图

好就是好

最近看到一篇利用ReaxFF力场模拟氢气氢化二氧化钛颗粒使其产生表面无定形结构过程的文章，作者在模拟完成后用RMSD定义其结构的无序化，对其分析做出的图十分漂亮！想知道作者是利用什么软件什么操作实现这样的作图呢。作为一个初学者还想请教一下各位老师有关ReaxFF这一力场的应用。在阅读Adri C.T.van Duin的ReaxFF开发文献时所采用的量子力学调试参数的过程中并没有看到作者对温度进行限制，为什么现有的文献对于RMD的应用大部分都是在化合物燃烧、燃料电池等高温体系下的模拟呢，仅仅是为了获得等效于更长时间的模拟结果吗？谢谢各位老师不吝赐教和同学的讨论
参考文献名称：Structural evolution of titanium dioxide during reduction in high-pressure hydrogen

sobereva

我没看过那篇文章，但免不了自己写程序统计分析，这么特定、专一的分析极少有现成的分析工具

本身势能面就是不依赖于温度的，看下文。所以以尽可能重现量子化学势能面搞的力场参数是独立于温度的，只不过验证力场参数的合理性的时候往往要考虑实际条件进行模拟和实验数据对比
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423（http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html）

ReaxFF也不是总拿来研究高温，只不过你说到的那些问题正好比较适合ReaxFF，燃烧过程肯定也是高温情况，这类文章相对比较多见而已

好就是好

sobereva 发表于 2021-11-18 05:54
我没看过那篇文章，但免不了自己写程序统计分析，这么特定、专一的分析极少有现成的分析工具

本身势能面 ...

看完博文后对势能面在分子模拟里的理解更为清晰了，希望疫情稳定后去北京参加培训班加深自己的学习，谢谢sob老师解答。看到另一篇博文里sob老师提倡我们一边做计算一边去学习所需的理论知识，那么对于写特定的分析程序也该这样做吗，应该怎么开始这样的学习呢？