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[PSI4] PSI4做能量分解报错求助

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本帖最后由 小西瓜123 于 2020-10-3 15:40 编辑

各位老师,我用PSI4做能量分解计算报错了,体系是两个分子,一个分子60个原子,一个分子68个原子,用的铜水平计算的inp文件。报错信息如下:


Traceback (most recent call last):
  File "/home/lcc09/chenwl/psi4/bin/psi4", line 287, in <module>
    exec(content)
  File "<string>", line 157, in <module>
  File "/home/lcc09/chenwl/psi4/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/driver.py", line 556, in energy
    wfn = procedures['energy'][lowername](lowername, molecule=molecule, **kwargs)
  File "/home/lcc09/chenwl/psi4/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/procrouting/proc.py", line 3404, in run_sapt
    e_sapt = core.sapt(dimer_wfn, monomerA_wfn, monomerB_wfn)


RuntimeError:
Fatal Error: PSIO Error
Error occurred in file: /scratch/psilocaluser/conda-builds/psi4-multiout_1557940846948/work/psi4/src/psi4/libpsio/error.cc on line: 128
The most recent 5 function calls were:


psi::PSIO::rw(unsigned long, char*, psi::psio_address, unsigned long, int)






Printing out the relevant lines from the Psithon --> Python processed input file:
    ""","dimer")
    core.IO.set_default_namespace("dimer")
    core.set_global_option("SCF_TYPE", "DF")
    core.set_global_option("FREEZE_CORE", "True")
    core.set_global_option("BASIS", "jun-cc-pVDZ")
--> energy('sapt0')


    Psi4 stopped on: Friday, 02 October 2020 04:31PM
    Psi4 wall time for execution: 3:29:55.72


*** Psi4 encountered an error. Buy a developer more coffee!
*** Resources and help at github.com/psi4/psi4.

安装教程是按照http://sobereva.com/526这个帖子安装的
计算核心的相关信息是AMD 锐龙 9 3950X处理器 (r9)7nm 3.5GHz CPU, 16 核 32线程; 32GB内存,500GB 固态硬盘,4TB数据硬盘。
请问老师们这个应该怎么解决呢?

dox-c6011.out

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发表于 Post on 2020-10-2 23:24:25 | 只看该作者 Only view this author
上传完整输出文件
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-3 15:40:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-2 23:24
上传完整输出文件

老师,完整输出文件已上传

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发表于 Post on 2020-10-3 20:05:03 | 只看该作者 Only view this author
确认PSI4临时文件目录还有足够的空间可以写入临时文件
另外,memory给得太小了,尽量多给点(PS:当前这机子拿来做量化计算起码得64GB内存)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-3 20:12:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-3 20:05
确认PSI4临时文件目录还有足够的空间可以写入临时文件
另外,memory给得太小了,尽量多给点(PS:当前这机 ...

谢谢老师,我试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-4 21:24:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-3 20:05
确认PSI4临时文件目录还有足够的空间可以写入临时文件
另外,memory给得太小了,尽量多给点(PS:当前这机 ...

老师您好,我把inp文件里的mem改到了48g,还是报一样的错,我用free -h 看了内存还有51g,这种情况应该怎么解决呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-7 15:31:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-3 20:05
确认PSI4临时文件目录还有足够的空间可以写入临时文件
另外,memory给得太小了,尽量多给点(PS:当前这机 ...

老师,我刚刚再看输出文件的时候发现有个500mb的memory,请问这个500mb在哪里可以把他修改大一点呢     PSIDATADIR: /home/lcc09/chenwl/psi4/share/psi4
    Memory:     500.0 MiB
    Threads:    24
   
  ==> Input File <==

--------------------------------------------------------------------------
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发表于 Post on 2020-10-7 17:01:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 喵星大佬 于 2020-10-7 17:02 编辑
小西瓜123 发表于 2020-10-7 15:31
老师,我刚刚再看输出文件的时候发现有个500mb的memory,请问这个500mb在哪里可以把他修改大一点呢     P ...

输入的.inp文件第一行。你用free -h看的是用了多少,当前计算用不到那么多你设置了也不会去用。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-7 20:56:23 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-10-7 17:01
输入的.inp文件第一行。你用free -h看的是用了多少,当前计算用不到那么多你设置了也不会去用。

我free -h看的的时候可用内存比我设置的大,因为我的体系比较大,之前就报错了,所以sob老师看了输出文件后让我设置了大内存,但是输出文件中有一个是我设置的大内存,有一个是500Mib,我再想是不是500mib这个太小了,可是我没有看到哪里可以修改500mib这个参数呢?

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发表于 Post on 2020-10-10 00:44:55 | 只看该作者 Only view this author
小西瓜123 发表于 2020-10-7 20:56
我free -h看的的时候可用内存比我设置的大,因为我的体系比较大,之前就报错了,所以sob老师看了输出文件 ...

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