高斯计算自定义溶剂出现错误

yuanbingling · 发表于 Post on 2020-5-23 19:22:53

各位老师好，我在自定义溶剂条件下优化结构，出现了错误Error termination via Lnk1e in /THFS/home/xinglei/rujie/g09-D01/l301.exe，请老师指点一下。

输入文件如下：
%chk=TETA_opt.chk
%nprocshared=24
%mem=48GB
# opt freq b3lyp/6-311++g(d,p) em=gd3bj scrf(SMD,read)

Title Card Required

0 1
N                5.58584400 -0.17634400 0.10303700
H                5.57283900 -0.69747900 0.97710300
H                5.66276700 -0.87571500 -0.63225900
C                4.30959000 0.53955800 -0.04870100
H                4.23468200 1.27547500 0.75816600
H                4.34075300 1.10117400 -0.98595400
C                3.07360500 -0.35573200 -0.02910800
H                3.12648200 -1.06456200 -0.86264800
H                3.08397200 -0.95351700 0.89795500
N                1.83450300 0.42216800 -0.15854400
H                1.81174100 1.08644200 0.61359500
C                0.64047900 -0.42633500 -0.04568900
H                0.61592200 -1.10139500 -0.90821200
H                0.67692900 -1.06081200 0.85365500
C                -0.63270800 0.40810900 -0.01477000
H                -0.64963700 1.08296800 -0.88464400
H                -0.62741700 1.04258200 0.87805200
N                -1.83114200 -0.44016500 0.03636900
H                -1.85988100 -0.97578900 -0.82942400
C                -3.05961700 0.36181000 0.09474500
H                -3.11647700 1.07948100 -0.74127900
H                -3.04248500 0.95148200 1.01627000
C                -4.30375500 -0.51466200 0.07621700
H                -4.33065500 -1.13149400 0.97787700
H                -4.24338600 -1.20118800 -0.78068800
N                -5.52007200 0.31605400 0.04991300
H                -5.56948200 0.80235400 -0.84240600
H                -6.33616500 -0.28849300 0.08324500

eps=54.1845
epsinf=2.080621048

没开始计算就停了
输出文件末尾：
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
Nuclear repulsion after empirical dispersion term =    530.1732738541 Hartrees.
Using the following non-standard input for PCM:
eps=54.1845
epsinf=2.080621048
End of line while reading PCM input.
Error termination via Lnk1e in /THFS/home/xinglei/rujie/g09-D01/l301.exe at Sat May 23 18:10:48 2020.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes 45.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

thanhtam · 发表于 Post on 2020-5-23 20:18:32

末尾多空两行

yuanbingling · 发表于 Post on 2020-5-23 21:03:12

thanhtam 发表于 2020-5-23 20:18
末尾多空两行

好的，我试试，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-24 01:12:52

没事别给氢加弥散，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

做opt freq的过程不建议用SMD，容易出现虚频、震荡，而且对于opt freq的精度比默认的IEFPCM没任何优势。更何况此时自定义溶剂还不是严格的，因为严格定义还得考虑非极性部分的参数。

yuanbingling · 发表于 Post on 2020-5-24 08:17:00

sobereva 发表于 2020-5-24 01:12
没事别给氢加弥散，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

好的，老师，我再仔细看下您说的博文。
然后老师还有一个问题，昨天我把文件末尾多空几行后，计算没有出错了。但是输出文件关于溶剂部分参数是水的，这跟没定义溶剂的时候是一样的内容，这是因为我没有严格自定义溶剂吗？请老师解惑

Polarizable Continuum Model (PCM)
=================================
Model             : PCM (using non-symmetric T matrix).
Atomic radii       : SMD-Coulomb.
Polarization charges : Total charges.
Charge compensation  : None.
Solution method    : Matrix inversion.
Cavity type       : VdW (van der Waals Surface) (Alpha=1.000).
Cavity algorithm    : GePol (No added spheres)
                     Default sphere list used, NSphG= 3.
                     Lebedev-Laikov grids with approx.  5.0 points / Ang**2.
                     Smoothing algorithm: Karplus/York (Gamma=1.0000).
                     Polarization charges: spherical gaussians, with
                                          point-specific exponents (IZeta= 3).
                     Self-potential: point-specific (ISelfS= 7).
                     Self-field : sphere-specific E.n sum rule (ISelfD= 2).
1st derivatives    : Analytical E(r).r(x)/FMM algorithm (CHGder, D1EAlg=3).
                     Cavity 1st derivative terms included.
2nd derivatives    : Analytical E(r).r(xy)/FMM algorithm (CHGder, D2EAlg=3).
                     Cavity 2nd derivative terms included.
Solvent             : Water, Eps=  78.355300 Eps(inf)= 1.777849

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-24 08:31:36

yuanbingling 发表于 2020-5-24 08:17
好的，老师，我再仔细看下您说的博文。
然后老师还有一个问题，昨天我把文件末尾多空几行后，计算没有出 ...

自定义溶剂问题这里明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

yuanbingling · 发表于 Post on 2020-5-24 08:46:31

sobereva 发表于 2020-5-24 08:31
自定义溶剂问题这里明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/32 ...

好的，谢谢老师

yuanbingling · 发表于 Post on 2020-5-24 09:31:23

sobereva 发表于 2020-5-24 08:31
自定义溶剂问题这里明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/32 ...

老师，关于博文这部分内容，我有些不明白。1）非极性部分是通过solvent=generic以及后面定义的参数决定的吗？2）假设溶剂是水和另一种物质A，水和A的体积分别为30%和70%，eps，epsinf，HBondAcidity
HBondBasicity，SurfaceTensionAtInterface，CarbonAromaticity，ElectronegativeHalogenicity这些参数都按这个体积比计算得到？

博文内容：
在SMD溶剂模型下计算时如果也要考虑溶剂的非极性部分，那么必须把溶剂的完整的SMD参数全都进行定义，即写scrf(read,SMD,solvent=generic)，然后在输入文件末尾空一行写比如
eps=11.5
epsinf=2.0449
HBondAcidity=0.229
HBondBasicity=0.265
SurfaceTensionAtInterface=61.24
CarbonAromaticity=0.12
ElectronegativeHalogenicity=0.24

其中SurfaceTensionAtInterface是表面张力，单位是cal/mol/A^2。CarbonAromaticity是芳香度，是芳环上的碳原子数占所有非氢原子数的比例，ElectronegativeHalogenicity是卤素度，是卤原子占所有非氢原子数的比例。HBondAcidity和HBondBasicity分别是Abraham酸度和碱度，程序内置溶剂的这俩参数来自于Abraham的文章，对于一种新的溶剂这是没法查到的。所以，简单来说，对于一种全新溶剂，是没有严格办法考虑非极性部分参数的。在笔者来看，碰上这种情况时的相对最佳的做法是写比如scrf(read,SMD,solvent=AAA)，然后照常定义eps和epsinf，这里AAA是与你当前要用的溶剂特征最接近的自带的溶剂，这样非极性部分的参数就会借用AAA溶剂的凑合着。虽然这样不严格，但总比完全不考虑非极性部分强一点。

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-25 03:55:41

yuanbingling 发表于 2020-5-24 09:31
老师，关于博文这部分内容，我有些不明白。1）非极性部分是通过solvent=generic以及后面定义的参数决定 ...

1 是
2 水在SMD里没有那些非极性参数。按照体积比将水和另外的溶剂的非极性部分作用能按比例混合是可以接受的做法。

yuanbingling · 发表于 Post on 2020-5-25 15:57:52

sobereva 发表于 2020-5-25 03:55
1 是
2 水在SMD里没有那些非极性参数。按照体积比将水和另外的溶剂的非极性部分作用能按比例混合是可以 ...

明白了，谢谢老师

GloomDweller · 发表于 Post on 2020-9-20 19:17:48

sobereva 发表于 2020-5-25 03:55
1 是
2 水在SMD里没有那些非极性参数。按照体积比将水和另外的溶剂的非极性部分作用能按比例混合是可以 ...

老师请问以2开头的回答的意思是当用smd模型定义混合溶剂的时候，若溶剂之一是水，那么就把水缺少的那些参数假设为0然后按照体积分数加权求和吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-21 12:56:23

GloomDweller 发表于 2020-9-20 19:17
老师请问以2开头的回答的意思是当用smd模型定义混合溶剂的时候，若溶剂之一是水，那么就把水缺少的那些 ...

否。对于含水的情况，应当把各个溶剂的溶解自由能的非极性部分按照体积比混合作为混合溶剂的溶解自由能的非极性部分

GloomDweller · 发表于 Post on 2020-9-21 14:31:56

sobereva 发表于 2020-9-21 12:56
否。对于含水的情况，应当把各个溶剂的溶解自由能的非极性部分按照体积比混合作为混合溶剂的溶解自由能的 ...

Get了。谢谢老师！

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[Gaussian/gview] 高斯计算自定义溶剂出现错误

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