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[新手求助] 我想算下图的结构上加上重铬酸钾后的能量然后计算吸附能但不知道选哪种结构的K2Cr2O7

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我想请教大家,我是应该在基底结构上加入晶体模型中的一部分那,还是直接在上面加入构架的球棍模型,因为我想这两者可能差距还有点大

晶体.png (46.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

这是K2Cr2O7晶体结构

这是K2Cr2O7晶体结构

重铬酸钾.png (6.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

这是我构建的球棍模型

这是我构建的球棍模型

结构.png (36.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

这是基底材料

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-24 18:00:45 | 只看该作者 Only view this author
我想晶体结构应该更接近重铬酸钾的结构,而球棍模型可能更容易构建

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发表于 Post on 2020-9-24 18:05:05 | 只看该作者 Only view this author
结构是什么样和用什么方式显示完全是两码事。第一个图你让程序判断成键关系,照样能给你显示成球棍模型

直接在体系上画上重铬酸钾就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-24 18:08:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-24 18:05
结构是什么样和用什么方式显示完全是两码事。第一个图你让程序判断成键关系,照样能给你显示成球棍模型

...

谢谢Sob老师的解答

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发表于 Post on 2020-9-24 20:22:03 | 只看该作者 Only view this author
这不是一个简单的吸附计算能解决的,你基底有这么多氨基,K2Cr2O7肯定会把你的基底氧化得面目全非,应该先把基底换成预期被K2Cr2O7氧化以后会变成的形式,再做计算。
而且如果是在水溶液里发生的吸附,还需要考虑水分子
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-24 21:07:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-9-24 20:22
这不是一个简单的吸附计算能解决的,你基底有这么多氨基,K2Cr2O7肯定会把你的基底氧化得面目全非,应该先 ...

非常感谢你的认真回复,我会好好考虑你提出的问题

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