一个所谓double aromaticity团簇: BBe6H6(+)

coolrainbow

1 论文要点

Chem. Comm., 2020
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2020/CC/D0CC05668E

这篇文章计算了团簇BBe6H6(+), 利用ABCluster搜索得到了全局极小点。这个结构有D6h对称性，



使用了正则分子轨道做化学键分析。HOMO是个典型的pi轨道，有两个电子，姑且按照4*0+2=2看，算是pi芳香性。HOMO-1到HOMO-3是sigma轨道，这4*1+2=6个电子具有sigma芳香性。因此这个体系具有所谓double aromaticity。利用Multiwfn中的AdNDP分析认为次团簇具有3c-2e sigma, 7c-2e pi 和7c-2e sigma键。 NICS值也证明了这一点。


2 用ABCluster+xTB生成这个结构：不考虑对称性

虽然这篇论文很水，不过作为一个结构搜索和化学键分析的教学例子倒是挺合适。

用ABCluster生成这个结构非常容易。利用如下的文件a.inp使用ABCluster中的isomer来实现即可.
在这个文件中，cube 2 4 4 表示在一个2x4x4的晶格中搜索结构。因为我们已经预先估计到这个分子可能是个平面，所以我们把一个维度选的”扁“了一些。
这个体系，大概搜索100个结构就能找到这个D6h的结构。
执行isomer a.inp > a.out即可。

bbe6h6           # Result file name
B 1 H 6 Be 6   # Symbols
cube 2 4 4      # Structure types
100                # Maximal number of calculations
>>>>
cp $inp$ $xxx$.xyz
xtb-o --chrg +1 $xxx$.xyz > $xxx$.out 2>/dev/null
energy=`awk 'NR==2{print $2}' xtbopt.xyz` ; sed  "2s/^.*/${energy}/g" xtbopt.xyz > $out$
rm $xxx$.xyz $xxx$.out charges wbo xtbopt.log xtbopt.xyz xtbrestart xtbtopo.mol .xtboptok

>>>>

2 用ABCluster+xTB生成这个结构：直接使用D6h对称性

如果你已经预先规定只搜索D6h对称性的结构，那么就更容易了。使用ABCluster 2.1版可以直接按D6h。利用如下的文件a.inp使用ABCluster中的isomer来实现即可.
在这个文件中，D6h表示使用D6h点群（输入就是这么简单粗暴。可以输入任意点群的符号）。后面的1 1 1是个类似于分子大小的参数。对于小分子，1一般都可以。如果是大分子可以多多尝试一些大点的数如2，3等。这里只搜索10个结构即可。

执行isomer a.inp > a.out即可。在我的机器上，8核CPU，执行了一共37秒，其中第二个就是文献中的结构。当然需要用更高精度的量子化学方法优化，如M062X, CCSD等。

bbe6h6           # Result file name
B 1 H 6 Be 6   # Symbols
D6h 1 1 1      # Structure types
10                 # Maximal number of calculations
>>>>
cp $inp$ $xxx$.xyz
xtb-o --chrg +1 $xxx$.xyz > $xxx$.out 2>/dev/null
energy=`awk 'NR==2{print $2}' xtbopt.xyz` ; sed  "2s/^.*/${energy}/g" xtbopt.xyz > $out$
rm $xxx$.xyz $xxx$.out charges wbo xtbopt.log xtbopt.xyz xtbrestart xtbtopo.mol .xtboptok

>>>>

sobereva

“虽然这篇论文很水”这万一让作者看见可就糟了

喵星大佬

sobereva 发表于 2020-9-24 10:28
“虽然这篇论文很水”这万一让作者看见可就糟了

没事，三哥不懂中文

sobereva

喵星大佬 发表于 2020-9-24 10:50
没事，三哥不懂中文

前两天也看见了这篇，我还以为是中国人发的，记错了

granvia

这种文章放在15年前或10年前，算是很不错的论文了

beefly

我记得最近半个月有人发过一篇类似体系的论文，只不过把氢换成了锂

yflchx

beefly 发表于 2020-9-24 14:35
我记得最近半个月有人发过一篇类似体系的论文，只不过把氢换成了锂

再换成Na，换成K、Rb、Cs。