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[NAMD] 求助:amber文件转成psf文件

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请问psf文件对应amber的什么文件?是pdb还是prmtop?现在用amber跑的md没有这个文件,分析时要用到,用什么文件通过什么程序转换一下?

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发表于 Post on 2020-9-12 21:59:55 | 只看该作者 Only view this author
没法一一对应,psf储存了分子的连接方式和电荷

NAMD可以读取prmtop(ff19sb除外),没有转换的必要

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发表于 Post on 2020-9-13 03:56:51 | 只看该作者 Only view this author
amber自带了一个amb2chm_psf_crd.py,搜手册
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-13 19:42:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-13 03:56
amber自带了一个amb2chm_psf_crd.py,搜手册

谢谢sob老师,转成功了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-22 20:53:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hyr95 于 2020-9-22 20:57 编辑
sobereva 发表于 2020-9-13 03:56
amber自带了一个amb2chm_psf_crd.py,搜手册

sob老师,为什么我转换完放进vmd dynamics network analysis里不能分析呢?D:\1.jpg

1.jpg (137.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

1.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-30 10:11:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-13 03:56
amber自带了一个amb2chm_psf_crd.py,搜手册

是转的psf文件不能使用吗?psf文件是对应amber中的什么文件?是*.prmtop吗?

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发表于 Post on 2020-9-30 19:21:35 | 只看该作者 Only view this author
hyr95 发表于 2020-9-30 10:11
是转的psf文件不能使用吗?psf文件是对应amber中的什么文件?是*.prmtop吗?

我不用NAMD,那个脚本我没实际用过。有具体问题可以尝试在amber邮件列表里问
psf包含拓扑关系信息和电荷
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-4 15:46:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-30 19:21
我不用NAMD,那个脚本我没实际用过。有具体问题可以尝试在amber邮件列表里问
psf包含拓扑关系信息和电荷

谢谢sob老师

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