新手求助在amber中导入pdb文件/添加水/离子环境遇到的问题

Zachariah

本人在做对PDB ID 1NAJ十二聚体结构的重复试验，采用amber94.prm导入结构时，发现了amber自动向体系内添加了过多的O1P/O2P/P重原子，导致结构导入后就产生了-120的电荷数，且在使用saveamberparm b b.prmtop b.inpcrd生成文件失败。而我在使用Dsicovery studio和Gaussview中观察并不缺少重原子（也可能是没看出来），由于我对DNA结构了解有限，我想请教一下这个问题产生的原因和解决办法。

sobereva

既然你看结构没有问题，显然就不会“添加了过多的O1P/O2P/P重原子”
该加抗衡离子加抗衡离子。如果是核酸类体系，显然加抗衡离子之前净电荷是非常负的

Zachariah

sobereva 发表于 2020-9-28 12:20
既然你看结构没有问题，显然就不会“添加了过多的O1P/O2P/P重原子”
该加抗衡离子加抗衡离子。如果是核酸 ...

你好，Sob老师，我做的体系是十二组碱基对DNA
  total atoms in file: 3790
  Leap added 730 missing atoms according to residue templates:
       250 Heavy
       480 H / lone pairs
  The file contained 720 atoms not in residue templates
绝大多数添加的都是
  Added missing heavy atom: .R<DG 118>.A<O1P 2>
  Added missing heavy atom: .R<DG 118>.A<O2P 3>
每隔12个就会添加：
  Added missing heavy atom: .R<DC 109>.A<P 1>
  Added missing heavy atom: .R<DC 109>.A<O1P 2>
  Added missing heavy atom: .R<DC 109>.A<O2P 3>

我个人的推测是，可能是pdb文件与amber94的参数表的atom type上有一定的差异，导致amber自动添加原子时，添加了很多pdb文件已经存在但是atom type和amber不同的原子，不知道老师有何见解

*我用其他的化学软件（Chimera）向体系中导入离子至中性，体系只添加了24个Na+，而amber显示了高达-120的电荷，我觉得在向amber导入pdb结构时发生了错误。

sobereva

Zachariah 发表于 2020-9-29 08:09
你好，Sob老师，我做的体系是十二组碱基对DNA
  total atoms in file: 3790
  Leap added 730 missing  ...

pdb文件里不体现原子类型信息，只体现原子名
加缺失的重原子是根据leap的分子库文件里的信息加的
加离子不应当用其它工具，直接用leap自带的addions命令加就完了