计算140个原子的有机分子，需要多大的资源才可以比较快速？

星斗如盘 · 发表于 Post on 2020-9-26 09:21:37

本帖最后由星斗如盘于 2020-9-26 10:23 编辑

最近一直在使用学校超算中心的免费账号做高斯计算，之前计算的分子都在100个原子以下，使用一个计算节点（16核，96GB)就够了。现在计算了一个140个原子的分子，计算频率都要24h，想把时间压缩到3/4个小时，需要使用多少节点？最近打算申请一个付费账号使用ub3lyp/6-31g(d) 一般用于结构优化，频率计算，使用G09做计算

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-9-26 09:33:54

说明你的计算级别（方法/基组），计算任务（单点、结构优化、频率、激发态单点计算）

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-9-26 09:50:18

http://sobereva.com/214

星斗如盘 · 发表于 Post on 2020-9-26 09:51:43

zjxitcc 发表于 2020-9-26 09:33
说明你的计算级别（方法/基组），计算任务（单点、结构优化、频率、激发态单点计算）

使用ub3lyp/6-31g(d) 一般用于结构优化，频率计算

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-26 10:14:40

起码也得把用什么程序交代清楚

跨节点并不解决什么问题，大部分量化程序大部分任务的跨节点效率很低
而且涉及到几何优化时，还牵扯到是否能顺利收敛的问题，耗时根本没法简单估计
图快的话，单个节点有多少核尽量都用上就完了。

星斗如盘 · 发表于 Post on 2020-9-26 10:24:49

sobereva 发表于 2020-9-26 10:14
起码也得把用什么程序交代清楚

跨节点并不解决什么问题，大部分量化程序大部分任务的跨节点效率很低

使用G09做计算

abin · 发表于 Post on 2020-9-26 10:37:59

使用g09，超过16核心，效率就不怎么理想了。

biogon · 发表于 Post on 2020-9-26 12:23:04

能用g16就不要用g09，不过16核的cpu就算是3950x给160原子振动分析也不可能那么快

elvisng · 发表于 Post on 2020-9-26 13:54:59

我只能說36核也不夠, 我在用的36核, 優化120多個原子也已經要5,6個小時或更長

星斗如盘 · 发表于 Post on 2020-9-26 15:52:37

biogon 发表于 2020-9-26 12:23
能用g16就不要用g09，不过16核的cpu就算是3950x给160原子振动分析也不可能那么快

我之前用过g16，感觉并没有更快，不过和我们合作的课题组常用g09我也就用g09了

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-9-26 16:03:18

星斗如盘发表于 2020-9-26 15:52
我之前用过g16，感觉并没有更快，不过和我们合作的课题组常用g09我也就用g09了

如果你试出来g16比g09慢，那大概率是没考虑精度的区别，忘了加g09defaults。论坛上有很多问g16与g09差别的帖子，也有不少测试高斯速度的帖子。

星斗如盘 · 发表于 Post on 2020-9-26 17:05:39

zjxitcc 发表于 2020-9-26 16:03
如果你试出来g16比g09慢，那大概率是没考虑精度的区别，忘了加g09defaults。论坛上有很多问g16与g09差别 ...

嗯嗯，好的，我看一下

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