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[新手求助] 相互作用能计算结构为正求助

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楼主
sob老师好,本人在计算以下体系时,出现了相互作用能为正的情况,根据文献调查,此体系吸附能应该在-5~-10 Kcal/mol。希望您能帮助解答。
已上传Gaussian输入文件,电子个数的设置是考虑了质子化因素,结合能根据优化后最后一步的电子能量求得。该结构是合理的,但能量却为+130Kcal/mol,不知是何原因。十分感谢

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发表于 Post on 2020-10-12 22:37:16 | 只看该作者 Only view this author
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-13 09:11:35 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2020-10-13 17:38:26 | 只看该作者 Only view this author
你查文献查到的体系和你的体系的区别在哪里?
按我感觉,一个带+3电荷的分子和一个带+1电荷的分子之间在真空里有强烈排斥,一点也不奇怪。但是如果在溶剂里,排斥作用会大大减弱,有机会表现为吸引。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-13 18:21:55 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-13 17:38
你查文献查到的体系和你的体系的区别在哪里?
按我感觉,一个带+3电荷的分子和一个带+1电荷的分子之间在真 ...

是这个,加入电荷是为了模拟这个体系在酸性环境下,即质子化

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发表于 Post on 2020-10-13 20:15:34 | 只看该作者 Only view this author
CruiseBend 发表于 2020-10-13 18:21
是这个,加入电荷是为了模拟这个体系在酸性环境下,即质子化

既然提到了酸性环境,说明这应该是一个溶液相的反应吧,应该加溶剂模型
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-10-13 21:43:47 | 只看该作者 Only view this author
全带正电没有抗衡离子肯定不科学,考虑一下?

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发表于 Post on 2020-10-14 12:27:09 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2020-10-13 21:43
全带正电没有抗衡离子肯定不科学,考虑一下?

而且说实话,这个带+3电荷的铝配合物,在非极性溶剂里估计不会溶解,但在稍微有点极性的溶剂里估计就和溶剂不可逆配位了,外来的阳离子根本没有配位的机会。那些硼原子会不会和溶剂配位也存疑。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-10-14 12:48:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-14 12:27
而且说实话,这个带+3电荷的铝配合物,在非极性溶剂里估计不会溶解,但在稍微有点极性的溶剂里估计就和溶 ...

而且水相中质子化也不一定真就这么彻底,说不定上一两个质子就是极限了。但是这么考虑的话这问题好像挺复杂的 (捂脸

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发表于 Post on 2020-10-14 14:23:54 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2020-10-14 12:48
而且水相中质子化也不一定真就这么彻底,说不定上一两个质子就是极限了。但是这么考虑的话这问题好像挺复 ...

真要是水相的话,我怀疑那个B-N cage会解体,尤其是4元环的部分
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-10-14 16:04:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-14 14:23
真要是水相的话,我怀疑那个B-N cage会解体,尤其是4元环的部分

哦他没说是啥溶剂……那就真不好说了,感觉可以把几个质子化过程的dG算一下?万一真上不了这么多质子呢……

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发表于 Post on 2020-10-14 16:52:00 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2020-10-14 16:04
哦他没说是啥溶剂……那就真不好说了,感觉可以把几个质子化过程的dG算一下?万一真上不了这么多质子呢… ...

说实话我深刻怀疑这个物质在实验上能不能合成。。。盲猜一下应该是纯从计算上设想出来的物质,环张力太大了,电荷也太多了,不像是实验能合成出来的东西
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-14 19:47:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-14 16:52
说实话我深刻怀疑这个物质在实验上能不能合成。。。盲猜一下应该是纯从计算上设想出来的物质,环张力太大 ...

我是在算酸性溶液中的相互作用...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-14 19:48:55 | 只看该作者 Only view this author
只是想在结合位点质子化计算下,现在pcm model 下计算的能量是负的啦,但这要怎么解释呢?

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发表于 Post on 2020-10-14 20:53:16 | 只看该作者 Only view this author
CruiseBend 发表于 2020-10-14 19:48
只是想在结合位点质子化计算下,现在pcm model 下计算的能量是负的啦,但这要怎么解释呢?

溶剂作为电介质,削弱了两个正离子之间的排斥作用
Zikuan Wang
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