求助itp中的电荷是否可以中和

18258036115 · 发表于 Post on 2020-10-15 22:11:21

现做膜蛋白相互作用的问题，用的是martiniV2.2力场，想研究无静电相互作用下膜和蛋白的作用情况，由于膜中只有DMPG蛋白质带电，采取的方法是将DMPG脂质在itp中的电荷数量从1改成了0，不知道这样的方式是否可行，希望各位老师能提供宝贵意见，谢谢大家啦！

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-16 02:20:42

mdp里还可以写epsilon-r = 0，代表介电常数设为无穷大，即忽略掉静电相互作用

18258036115 · 发表于 Post on 2020-10-16 09:43:05

sobereva 发表于 2020-10-16 02:20
mdp里还可以写epsilon-r = 0，代表介电常数设为无穷大，即忽略掉静电相互作用

请问下老师，如果是改掉itp里的电荷量这种方法是否可行，是否会对力场产生一些其他不良的影响，因为有试着跑了几组数据，想请教老师原先的几组数据是否还可以使用，谢谢老师提供宝贵的意见

bobosiji · 发表于 Post on 2020-10-16 22:28:47

18258036115 发表于 2020-10-16 09:43
请问下老师，如果是改掉itp里的电荷量这种方法是否可行，是否会对力场产生一些其他不良的影响，因为有试 ...

不能随便改，除非是考虑到溶液pH影响DMPG的电荷。另外，能否加离子中和DMPG的电荷？

18258036115 · 发表于 Post on 2020-10-17 00:21:46

bobosiji 发表于 2020-10-16 22:28
不能随便改，除非是考虑到溶液pH影响DMPG的电荷。另外，能否加离子中和DMPG的电荷？

溶液是已经中和过了的，想要去除脂质的电荷的主要目的，是想要把脂质的电荷去掉以后抹去蛋白和膜之间的静电相互作用，因为膜上只有该种脂质带电。加离子的话可能无法达到所想要达到的目的

18258036115 · 发表于 Post on 2020-10-17 00:27:32

bobosiji 发表于 2020-10-16 22:28
不能随便改，除非是考虑到溶液pH影响DMPG的电荷。另外，能否加离子中和DMPG的电荷？

可能我没有理解您中和DMPG电荷的概念，是可以达到使得脂质电荷为0的目的，从而达到研究该脂质和其他带电物质没有相互作用的效果吗？是否有相应的参考文献，还望不吝赐教，非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-17 14:41:39

18258036115 发表于 2020-10-16 09:43
请问下老师，如果是改掉itp里的电荷量这种方法是否可行，是否会对力场产生一些其他不良的影响，因为有试 ...

也可行
注意如果当前有1-4静电作用的话，这也会影响分子内的相互作用

18258036115 · 发表于 Post on 2020-10-17 20:22:32

sobereva 发表于 2020-10-17 14:41
也可行
注意如果当前有1-4静电作用的话，这也会影响分子内的相互作用

好的，非常感谢老师

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