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[GROMACS] 气相中带净电荷液滴在电场下体系整体平移问题

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请问老师们,做了一个气相中带净电荷液滴的体系,发现加了一个x正方向的恒定电压0.7v以后,液滴在模拟的时候一直往x反方向整体平移,参考了老师在群里让我消除平动的建议,我试了在mdp文件里消除平动comm-mode       = Linear     ; comm-grps         = System  发现体系还是整体平移了。。。请问老师,这是因为什么呢?谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-10-15 11:40:16 | 只看该作者 Only view this author
加上nstcomm=1再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-15 15:33:28 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,我加了,可是还是整体平移了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-16 10:27:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 961106 于 2020-10-16 10:29 编辑

老师,这是我最初的mdp文件,后面还加上了comm-mode       = Linear     ; comm-grps         = System;nstcomm=1请问老师,这个参数设置有问题吗?

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发表于 Post on 2020-10-17 14:20:06 | 只看该作者 Only view this author
用了pbc,却用简单截断方式算非键作用,cutoff还那么大,非常莫名其妙
没事甭用all-bonds
当前情况明显不适合用enerpres
没有平衡的体系不要用Nose-Hoover热浴
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