求助Parrinello-Rahman压浴和Berendsen压浴问题

Sasuke

跑一个聚异戊二烯体系，用grompp预编译时候警告提示我用Berendsen压浴如下如报错1所示，然后我修改了mdp文件重新grompp又警告：Using Berendsen pressure coupling invalidates the true ensemble for the thermostat如下警告2所示。mdp输入文件见下图。

sobereva

那叫预处理不叫预编译

根本就没有报错。分清楚warning和error

程序对berendsen吐槽的warning根本不用管，直接加上-maxwarn 1无视就完了

绝对不要用all-bonds，我在论坛里已经强调多次了

体系没达到平衡时不要用Nose-Hoover热浴和PR压浴，你当前用gen_vel，明显一开始不可能处于已平衡的状态

就算要用Nose-Hoover热浴，tau_t也不可能设得那么小


对基本概念基本模拟知识理解上存在的问题太多了。以后有机会参加一次北京科音分子动力学与GROMACS培训班好好系统性学一次好了。