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[GROMACS] gromacs5 版本关于自由能计算教程的histogram.xvg绘图问题

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如题,得到了histogram.xvg文件但其里面数据很多,用手动的方式分开然后做图不太现实呀。N(∂H/∂λ)图1  
N(ΔH)图2  用xmgrace histogram.xvg 得到的图3,困惑求分开绘图的方法

hist1.png (352.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 59)

原文分开图1

原文分开图1

my.png (220.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 55)

xmgrace histogram.xvg

xmgrace histogram.xvg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-8 16:54:26 | 只看该作者 Only view this author
抱歉呀,第2张图没传好,linux下截图传图还是没WIN方便 ,http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... gy/07_analysis.html这个是教程里面对得到的histogram.xvg分开做图的链接,

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发表于 Post on 2015-6-8 23:56:24 | 只看该作者 Only view this author
我手头没有histogram.xvg,你先压缩一下,如果不超过10MB作为附件传上来,如果更大,发个网盘链接,我具体看看。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-9 10:35:28 | 只看该作者 Only view this author
我太马虎了居然忘记上传文件了,抱歉。SOB大师我还有个疑问,有人建议我做吉布斯自由能别用gromacs自带的bar工具说它算不准,这是真的吗?

histogram.xvg

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发表于 Post on 2015-6-9 11:19:19 | 只看该作者 Only view this author
可以试试 PLUMED 2.0 试试,貌似做蛋白的用的比较多

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发表于 Post on 2015-6-9 15:20:57 | 只看该作者 Only view this author
tbw@zyc 发表于 2015-6-9 10:35
我太马虎了居然忘记上传文件了,抱歉。SOB大师我还有个疑问,有人建议我做吉布斯自由能别用gromacs自带的ba ...


看样子只能自己写个程序去分割这个文件了。
g_bar我研究不多。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-11-28 22:50:52 | 只看该作者 Only view this author
你好请问,histogram.xvg输出错误是什么原因呀

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