QM/MM 模拟能否人为移动水分子的位置？

hhhnano

各位前辈，我在用簇模型QM/MM模拟一个水解酶水解酯的过程，实验发现水解很慢，需要24小时才能看到明显的水解现象，一般底物几秒钟到几个小时，根据文献的报道的类似水解反应机制，在活性残迹SER附近应该有一个水分子，但是MM模拟结果最近的水分子也有3.7埃，这样远的距离，估计通过QM/MM模拟不出水解反应过程，于是我GPU加速从10ns模拟到100ns,但水分子距离SER距离更远了，我想请教一下，能否人为将水分子移动到SER附近，如2埃左右进行QM/MM模拟？

二十一

您好，水分子氧与ser残基距离3.7埃，算QM能量应该是可以的。既然你已经跑完了分子动力学，再手动移动水分子应该是不太行。