一个每一帧统计水分子数的程序，希望懂得人帮个忙

ruanyang

程序：    set time [clock format [clock seconds] -format {%b. %d, %Y %I:%M:%S %p}]
    #selects the top open molecule's carbon
      set nt [atomselect top "resname Gr1"]
    # returns z min of the cnt
      set NT_min [lindex [lindex [measure minmax $nt] 0] 2]
    # returns z max of the cnt
      set NT_max [lindex [lindex [measure minmax $nt] 1] 2]

      set x_0 [lindex [measure center $nt] 0]
    # returns y coord
      set y_0 [lindex [measure center $nt] 1]
      set NT_radius 6.780
      set num_frames [molinfo top get numframes]
      set x_list {}
      set y_list {}
      set wat_sel [ atomselect top resname SOL ]
      set out [open "Gr1_y_list.txt" w]
      puts $out "This file contains the output of the number of water molecules in the Gr1"
      puts $out "by measuring the number of oxygen in the Gr1"
      puts $out""
      puts $out"This script was created by;"
      puts $out "Christopher Stiles:cs145331@albany.edu or chris@cs86.com"
      puts $out ""
      puts $out "There time of creation was:"
      puts $out "$time"
      puts $out "Number of frames uesd:$num_frames"
      puts $out "User defined radius of the Gr1:$NT_radius"
      puts $out "Box dimensions:($Lx, $Ly,$Lz)"
      puts $out ""
      close out

      set out [open "Gr1_y_list.txt" a]
       for {set i 0} {$i < $num_frames} {incr i} {
        $wat_sel frame $i
        $wat_sel num
        $wat_sel update

        #$wat_sel set user 1.0
         lappend x_list $i
         lappend y_list [$wat_sel num]
         puts $out "[$wat_sel num]"
          }
          close $out      
Gr1:代表的是中间的那根碳管。谢谢！

sobereva

没明白你的意图。

贴代码的时候建议选择“代码”按钮然后再贴，这样不会被转义成表情，代码看着也整齐。

sobereva

几行代码就能完成的事，搞得太复杂了。比如下面的代码显示每一帧resid 15的5埃内的水的数量，你把选择范围改成纳米管的区域即可（如waters and x> 10 and x<20）

1. for {set i 0} {$i<200} {incr i 1} {
   
2. atomselect top {same residue as{waters within 5 of resid 15}} frame $i
   
3. puts "Frame: $i number of waters: [expr [atomselect$i num]/3]"
   
4. }

复制代码

ruanyang

好的Sob老师我会注意的