公社群聊Q&A整理：2015.12.02 18 ~ 2015.12.05 00

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-5 05:36:22

本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-12-5 23:03 编辑

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2015.12.02 18:07:47
Q:
老师好，我有一个初态和终态。想找过渡态。我是以初始结构的一个二面角进行修改，然后ts优化，在做irc分析，发现是要的过渡态，有个问题就是过渡态是连接初始态和终态，但我求过渡态的时候和终态没什么关系，只是修改初态的初始结构求得过渡态
A:
只要你得到的过渡态，走IRC连接的就是初态和终态结构就行了，不用想太多
Q:
[图片]这是我的irc，我们小老板非要问我为啥和终态没有关系，我就是解释不清，就是想问 sob老师
我的irc是正常的吧，我只跑了十步
我求过渡态的时候只是修改的初态，和终态没有关系
irc怎么设置，才能是跑完呢，才是连接的初态和终态呢
A:
把maxpoints设得很大，最终IRC两头就会基本上走到初态和终态结构
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2015.12.02 18:09:02
Q:
有人用过Gaussian单点能自动相互运算工具enecalc吗？
运行了enecalc.exe 后，
[图片]
成了这样
A:
自行配置GAUSS_EXEDIR环境变量指向高斯安装目录
Q:
windows 7
A:
[图片]
Q:
[图片]
有了
[图片]
[图片]
用户和系统的环境变量都加了
合适一样的问题
g09 安装在C:\G09W 目录下
A:
重启
Q:
重启两次了
A:
你先自行在dos里能成功调用g09算个东西再说
必须g09.exe和各种lxxx.exe是在c:\g09w目录里面
Q:
在
[图片]
A:
Sobereva(190258442) 18:41:42
你先自行在dos里能成功调用g09算个东西再说
----------------------------------------------------
2015.12.02 18:38:14
Q:
sob老师，用高斯算CASSCF选取活性空间，有必要[图片]用这个iop定域活性空间看轨道吗？
A:
否
Q:
[图片]这个算例的第三步检查是不是就是多此一举了？
http://www.ch.ic.ac.uk/robb/casscf_benzene_handout.php
A:
一般计算没必要搞那个定域化
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2015.12.02 19:11:08
Q:
计算任何一个分子的E[QCISD(T)/CBS]，都是用这个公式吗？
E[QCISD(T)/CBS]=1.4629*E[QCISD(T)/TZ]-0.4629*E[QCISD(T)/DZ]+1.6938*E[MP2/QZ]-2.1567*E[MP2/TZ]+0.4629*E[MP2/DZ]
A:
是
Q:
那CCSD(T)/CBS 的公式是什么》
A:
谈谈能量的基组外推
http://sobereva.com/172
QCISD(T)能量换成CCSD(T)能量就完了
Q:
能量前面的系数要变吗？
A:
不
Q:
E[CCSD(T)/CBS]=1.4629*E[CCSD(T)/TZ]-0.4629*E[CCSD(T)/DZ]+1.6938*E[MP2/QZ]-2.1567*E[MP2/TZ]+0.4629*E[MP2/DZ]
能不能把E换成G，像这样
G[CCSD(T)/CBS]=1.4629*G[CCSD(T)/TZ]-0.4629*G[CCSD(T)/DZ]+1.6938*G[MP2/QZ]-2.1567*G[MP2/TZ]+0.4629*G[MP2/DZ]
A:
不
Q:
不能？那G[CCSD(T)/CBS] 怎么搞
有这种写法吗
A:
外推只能对于单点能来做，得到单点能再自己加上热力学校正量
Q:
您的意思是 G[CCSD(T)/CBS]= E[CCSD(T)/CBS] + zpe
?
A:
你这得到的是0K下的自由能
Q:
对哦，单点能加zpe不是自由能。
应该是 G[CCSD(T)/CBS]= E[CCSD(T)/CBS] + “Thermal correction to Gibbs Free Energy” 吧？
A:
y
想计算这个量，直接用CBS-QB3或更精准的CBS-APNO就完了，比起自己那么算要准确
----------------------------------------------------
2015.12.02 19:43:57
Q:
请问，PCI-E3.0 *16 的计算卡,插在PCI-E2.0 *16 的插口上,有什么不好的地方吗?
A:
没什么不好
2.0 16x的带宽已经够用了
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2015.12.02 19:49:48
Q:
[图片]
这怎么搞
怎么下一步
A:
输入格式不对。
Q:
能量已经算出来了
[图片]
[图片]
A:
算出来就完了，退出
Q:
这是怎么继续
exit quit 都不管用
A:
关了就完了
exit quit怎么可能管用，屏幕上和文档里又没说能这么写
Q:
command<CR> 是啥？
A:
按回车
关不了就点叉关掉
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2015.12.02 19:57:16
Q:
请问安装完gaussview5.08后打开时提示安装没有找到freetype_sc2110mt.dll，怎么处理啊？
A:
just google it
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2015.12.02 20:37:14
Q:
[图片]服务器上做单点，用高斯算的，出现了这样的错误
A:
甭读chk文件
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2015.12.02 20:55:40
Q:
我想问一下，做蛋白质配体复合物的结合能计算的时候，一开始选用什么立场能同时生成蛋白质和小药物的prmtop和inpcrd文件啊？
选用leaprc.ff99SB力场，能生成蛋白质的prmtop和inpcrd文件，选用leaprc.gaff力场能生成小药物的prmtop和inpcrd文件，但是还要生成一个复合物的prmtop和inpcrd文件啊？怎么能生成复合物的文件呢？
A:
ff99SB和gaff都载入进去，然后载入含有蛋白-小分子复合物的pdb文件，然后saveamberparm
----------------------------------------------------
2015.12.02 21:21:00
Q:
过渡态计算中找不到最低点，出现L508错误，加一个scf=IntRep可能解决这个问题不？
A:
不
Q:
谢谢sob老师，那我要微调结构吗？
A:
没直接关系
肯定用了QC方法做SCF收敛，哪出了点毛病
没必要用QC就甭用
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2015.12.02 22:23:01
Q:
请问，G1-G4等组合方法可以在ONIOM之中使用吗？
A:
不能
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2015.12.02 22:23:01
Q:
[图片]应该是需要自己编程的，但是没什么头绪，想请各位知道的解释一下
A:
就是说时间为t这一帧，如果一对儿水分子形成了氢键h(t)就为1，否则为0。按照几何规则判断一下就行
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2015.12.02 22:23:47
Q:
StepSize=N 设定反应路径计算时沿着反应路径的步幅大小，单位为0.01 Bohr 那么irc分析的横坐标代表什么，也不是0.01Bohr
A:
IRC图横坐标是质权之后的。stepsize直接设的是笛卡尔坐标下的步长
Q:
sob老师说的irc的横坐标是质权之后的，什么意思，不太懂
A:
[图片]
[图片]
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2015.12.02 22:39:06
Q:
[图片]
下不动啊
A:
[图片]
写得清清楚楚
如果嫌下载速度慢，可以通过百度网盘下载：http://pan.baidu.com/s/1kTqiHMZ
Multiwfn使用交流与求助唯一官方论坛：计算化学公社 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=112。Multiwfn开发者不在小木虫论坛回复Multiwfn和量子化学问题。
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2015.12.02 22:42:05
Q:
[图片]感觉至少有俩sob老师在线啊
A:
本来就不止一人
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2015.12.02 22:49:27
Q:
不知道群里是否有人有sob老师在小木虫讲使用multiwfn图形化研究弱相互作用的源文件可以学习的，那个帖子下的附件已经无法下载了
A:
不要去小木虫！！！！！！！！！！！！！！！！！！
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
所有sobereva写过的博文都到sobereva.com去看
小木虫上的绝对不要看！！！
Q:
http://sobereva.com/
A:
小木虫上的帖子若能删早就都删掉了
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2015.12.02 23:00:04
Q:
sob老师，请教个问题，在使用高斯的时候[图片]想重复文献当中这种设置，但是只有HF/6-31g(d)可以优化成功，其它的都会出现如图的语法错误[图片]不论B3lyp还是HF的都是会出现这种错误，不知道文献里的中括号是不是代表（d）？
A:
未必是(d)
可能d的指数额外调节过
Q:
d的指数额外调节过，那参数可以怎么进行设置呢？是不是只有直接加*的才是（d）我准备都尝试一下
A:
写3-21G*就完了
如果指数被作者调过，文中应该有说明
如果没说，就当成没调过。*非要写成[*]说明作者不规矩
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2015.12.03 10:59:17
Q:
各位大神，这种方法怎么算"Morokuma decomposition analysis”求解释，有一个审稿人让我用这种方法算一下电子和空间效应
我不懂，主要我不是研究这一方向的，我看了一篇文献里面我看着是研究小分子的
A:
GAMESS-US或Q-Chem或ADF
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2015.12.03 10:59:17
Q:
IRC计算时加关键词IRC=maxcycle=500,nosymn是不是好点？看到有人这么做了
各位老师，指点一下：IRC计算时加关键词IRC=maxcycle=500,nosymn是不是好点？
A:
nosymm是多余的，IRC默认就用nosymm
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2015.12.03 10:59:17
Q:
大家有好的中文图推荐吗？计算相关的。
计算化学-分子和量子力学理论及应用导论(第2版)
[加] 里沃斯（Lewars，Errol，G.）著
这个怎么样？
http://item.jd.com/1262465841.html
A:
书写得还算清楚，内容比较浅，比levine的深度更低一点
lewar那本书的特点是公式少，字多，语言比较化学一些
Q:
Szabo 那本怎么样?
A:
szabo有深度，但是取材范围太窄，溶剂模型、DFT这些关键性的都没有。不适合初学
Q:
谢谢老师那初学还是从Levine起步的好？
A:
对
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2015.12.03 10:59:17
Q:
我用ccsd扫势能面发现与hf相比能量低很多而且比较而言感觉hf更准确这是怎么回事呢？
A:
考虑了电子相关显然能量会低很多。不可能比HF差
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2015.12.03 10:59:17
Q:
请问，nbo计算的结果中电子转移量是怎么算出来的吗？是用原子自然电荷来算的吗
A:
有两种方式，看具体分析的问题。一种是NPA电荷加和，一种是根据微扰方法获得E2作用伴随的电荷以超共轭方式的转移
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2015.12.03 10:59:17
Q:
请问谁知道这个软件在哪里下载吗
[图片]
A:
这真没什么意义，几乎没什么实用价值了
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2015.12.03 11:07:11
Q:
那sobereva老师，有什么其它软件可以代替DV-Xα
A:
DV-Xalpha的讨论见此贴http://bbs.keinsci.com/thread-1090-1-1.html
Xalpha早就过时了，随便拿个主流量化程序，用个主流泛函，结果一定比这个好
这个卖点是离散变分，但这实际应用中并不体现出任何优势。
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2015.12.03 11:10:11
Q:
请教一下大家用高斯算配合物的分子轨道和电荷，配合物为一维、二维或三维结构的时候是直接算单体么？需要考虑周期性边界条件不？[图片]
A:
配合物是分子你就算分子就完了。
Q:
sob老师，零维的话没问题，一维的话金属实际上和周期性的配体还有配位作用，不考虑的话分子轨道就不对了吧？
A:
肯具体情况。如果和相邻分子属于弱相互作用就可以截出来，忽略其作用
Q:
如果不考虑周期性，一个金属和两个配体有配位作用，如果周期性的话那和四个配体有配位作用，忽略的话算出来的轨道会明显不同。sob老师
A:
不清楚结构不好具体说，凭化学直觉决定吧
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2015.12.03 11:12:23
Q:
如何配合物是带电荷的阳离子，计算的时候需要考虑阴离子不？
A:
最好考虑
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2015.12.03 11:20:33
Q:
请教各位老师一个问题，做gamess的时候输入文件是这样的，结果却出错了，不知道是哪里的问题[图片]
A:
$CONTRL里的MULT不可能为1啊
Q:
应该是2吗？
可是该为2之后，结果也是出现了问题[图片]
A:
别用RHF啊
Q:
那老师我换成ROHF试试
A:
用UHF
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2015.12.03 11:29:36
Q:
[图片][图片]请问一下，我第一次用molpro,照着算例写了个输入文件，然后没几分钟就错了。貌似也没有提示什么错误，是输入文件写错了？
不好意思，呵呵，我刚才怕一敲直接发出去了
/呲牙
[表情]
/握手
麻烦能帮我看看是哪里错了吗
A:
输入文件最后貌似有个~符号，去掉。报错提示里已指明了
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2015.12.03 11:55:20
Q:
Sobereva老师您好，昨天我尝试了您说的pcm不加态平均，作业可以运行了，运行两圈停了，不容易收敛，单占与之前比变了。如果加上态平均，还有其他的改进方法吗？这个是输入和错误。[图片][图片]
A:
写那么多0.5干嘛？总共就两个态
反复多尝试
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2015.12.03 12:32:18
Q:
问下大家，我服务器主板坏了，想拷贝硬盘数据，是不是将硬盘接到一个linux系统的机器上才能识别数据？
能不能将原来电脑的硬盘拆了，装上我这个服务器的硬盘行吗？
Q:
嗯，换台linux的主机就好了
A:
windows的也可以，有在windows下专门读linux文件系统里的文件的程序
是SATA的就行，SAS的不行
如今服务器上用SATA的也很多
Q:
服务器硬盘稳定很多吧
A:
企业级SATA也够了
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2015.12.03 12:58:27
Q:
问个问题，大家手头有没有计算小分子的大小体积的工具
我以为是个简单的事，原来这么大学问
A:
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
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2015.12.03 13:34:19
Q:
老师，分析一个分子激发态的电子分布，multiwfn需要什么关键词的输入文件。是要高斯里面加上激发态的关键词，用chk作为输入文件就OK了么？@Sobereva
A:
看你具体用哪种方式分析。
Q:
就是要简单的电荷分布
A:
诸如B3LYP/6-31G* TD out=wfn
产生的wfn文件里就包含了激发态密度，可以在Multiwfn里用Hirshfeld、ADCH等方法计算原子电荷
也可以作图考察
如果用的是g09 D.01以前的，还应该再加上density关键词
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2015.12.03 13:34:58
Q:
sob老师，Multiwfn对于大分子比如蛋白的体积可以计算么？
A:
算不动
----------------------------------------------------
2015.12.03 13:39:16
Q:
不过chk里依然没有激发态密度吧？
A:
chk里只有激发态密度矩阵，轨道还是基态的轨道。Multiwfn分析是基于轨道来分析的，并不从chk中读取激发态密度矩阵。所以用chk作为输入文件分析激发态密度，必须按Multiwfn手册第四章开头的方法把激发态自然轨道转存到chk中才行，显然这样比用.wfn更麻烦。但是使用诸如Mulliken等基于基函数的方法考察激发态密度，则必须这样做。
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2015.12.03 13:37:37
Q:
请教一个问题，用洋葱模型优化一个结构，最终如何提取它的能量，是在输出文件中提取最后HF=...的吗？
A:
ONIOM: extrapolated energy =后面的值
Q:
这一项在输出文件哪里找到
A:
搜啊
Q:
好的，O(∩_∩)O谢谢
那最终的HF= 是什么数值
A:
甭管
要想弄明白就先把ONIOM的原理弄明白
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2015.12.03 13:59:44
Q:
弱弱地问下SOB的软件是对量化计算结果的处理吗。计算过程分为量化计算和计算结果两部分
A:
计算部分也可以用firefly、gamess、molpro、ORCA等等程序来做，只要能产生multiwfn支持的格式就行，绝对不仅限于高斯
很多分析只需要提供结构信息就行，都用不着量化程序。诸如aRDG分析，提供的是分子动力学程序跑出来的轨迹
Multiwfn涉及的功能极广，看此文
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
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2015.12.03 15:02:26
Q:
[图片]请问各位，该作者用Dock6.0program将这对手性配合物与鸟嘌呤结合在一起，得出两者的结合能，是怎么做到的？那个Dock是autodock么，有没有相关课题的大神，谢谢了
A:
这么简单的情况，自行摆一起优化就完了
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2015.12.03 15:44:51
Q:
老师，我用AdNDP分析1个La-6个Sb组成的cluster成键情况，2c-2e键搜索的时候，占据数为1.8775，我认为La-Sb之间有6个2c-2e键，但是审稿人认为La不可能形成6个2c-2e键，为什么呢？la有很多6配位的化合物啊
A:
配位数是多少和多少2c-2e是两码事
1.8775说明2c-2e的特征已经很弱了，很可能是多中心键
Q:
这样啊，还有个困惑，占据数是多少才能证明具有2c-2e特征呢？底线是？
按照审稿人的建议，我搜到了占据数为1.8987的5c-2e
这个是否合理呢？
A:
没有明确底线，只是说明这不是很典型的2c-2e
结合ELF图、多中心键级考察
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2015.12.03 16:00:35
Q:
老师，我优化的结构里有C、H、N，体系70多个原子，用的基组是6-31G(d)，随后优化的结构里有S、Cl原子，我想加弥散，用6-31+G(d)行吗，S和Cl一起加还是S不用加
那用的基组合适吗
体系原子很多
6-31+G(d)基组精度够不
A:
一般没必要加弥散
想改进精度就用6-311G*不要用弥散
6-311G*比6-31+G*耗时更低，对一般问题结果更好
Q:
那老师我这体系中的S、Cl原子就不用加弥散吗
我看到了
A:
不知道该不该加弥散就别加
什么时候该加弥散这里都说了
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
Q:
我曾经在一篇综述上看到Cl要加弥散，所以想问问
A:
3-zeta足矣描述得很好
2-zeta加弥散，远不如先升到3-zeta
----------------------------------------------------
2015.12.03 16:15:28
Q:
g09中的 G3B3是什么关键词？
A:
RTFM
----------------------------------------------------
2015.12.03 16:18:37
Q:
老师您好，我想得到wfn文件但高斯输出结果最后一行写的
Writing a WFN file to 这个是什么原因
A:
wfn文件输出路径没写对
Q:
我的输入文件是%chk=Cr2NNC2_iprPh_N2_SP
# Bp86/gen SP output=wfn
sdsdasda
0 1
A:
末尾空一行写输出路径。Multiwfn手册第四章开头都有例子
----------------------------------------------------
2015.12.03 16:20:09
Q:
我还是喜欢matin head-gordon 算出色散能为正数的那个论文，掷地有声
A:
那不是色散能为正数，而是相关能为正值
Q:
恩恩，Supermolecular方法就是把动态相关能作为色散能的吧
A:
没有严格的对应关系
相关能的定义当中也包含了HF没考虑周全的除了色散以外的作用，包括静电作用
----------------------------------------------------
2015.12.03 16:48:27
Q:
我在计算分析激发态的原子电荷分布时，用mfn分析，高斯输入里加入什么关键词指定想要的激发态呢？
A:
没听说过mfn
Q:
multiwfn
A:
root=x指定第x激发态
Q:
那我要是不加这个关键词，直接b3lyp/6-31g* TD out=wfn 然后用wfn分析，按7 11 1 得到的原子电荷分布是哪个激发态的呢
A:
1
----------------------------------------------------
2015.12.03 18:04:57
Q:
想请问一下[图片]这个说的是自旋态吗，比如IEXCIT=2就是表示二重态，是这样理解吗？
A:
否
这是指考虑最多多少个电子激发的组态函数
----------------------------------------------------
2015.12.03 20:29:33
Q:
请教各位老师关于消虚频的问题，我用smd计算溶液体系，出现虚频，试了网上所说的加opt=tight int=ultrafine及iop（1/8=1）等关键词，也试了将振动坐标加到优化后坐标上的方法，但是效果不明显，请问大家一般都是怎么做的啊？
怎么调呢？研振动方向微调还是？
A:
Days 算得动就calcall
----------------------------------------------------
2015.12.03 20:32:11
Q:
[图片] 老师，这张图片里G/p 和 E 代表什么意思
A:
拉格朗日动能密度除以电子密度
能量密度
手册2.6、2.7节的实空间函数都介绍了
Q:
谢谢@Sobereva
[图片]老师是不是应该在这里面找拉格朗日动能密度除以电子密度
A:
自己相除
[图片]
Q:
老师我还有个最后一个不明白，[图片] 这个是不是这个[图片]
A:
RTFM
[图片]
Sobereva(190258442) 20:32:53
手册2.6、2.7节的实空间函数都介绍了
----------------------------------------------------
2015.12.03 20:51:47
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
病句
世界上不存在NBO电荷
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
----------------------------------------------------
2015.12.03 20:52:30
Q:
请教各位，我对一个已经优化好的分子的nbo电荷，为什么会出现这样的错误提示？[图片]，在此先谢谢各位
看到了linda版g09
A:
少侠好眼力
Q:
我猜你用了什么STO-3G基组里没有的元素
[表情]而且用STO-3G算NPA真的好么
A:
是的
算了也被审稿人喷
----------------------------------------------------
2015.12.03 20:59:32
Q:
[图片]请问这个根据examples做出来的图中 PDOS frag.1是指定义1中的1-5号原子的态密度是吗？那我如果只是想做其中某一各原子的分波态密度应该怎么定义呢？
A:
定义片段时只选一个原子就完了
Q:
是指其中一个原子的的某个轨道的态密度
A:
那叫部分态密度或者分数态密度，不叫分波态密度
----------------------------------------------------
2015.12.03 21:00:40
Q:
http://www.nature.com/nmat/journal/v6/n3/pdf/nmat1849.pdf
求文献一篇
A:
违规一次，已记录
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.03 21:01:04
Q:
部分态密度应该怎么定义片段？
A:
手册里都有实例啊，怎么定义片段已经写得足够清楚了
举一反三举一反三举一反三举一反三举一反三举一反三举一反三举一反三
----------------------------------------------------
2015.12.03 21:03:57
Q:
我详细看了手册，没找到关于单个原子某个轨道的态密度的例子，看到的是好像都是定义整个原子的
A:
[图片]
把对应你要考察的原子轨道的基函数添加进去
----------------------------------------------------
2015.12.03 21:04:47
Q:
老师，请问高斯输入结构固定，不做优化，只做单点能计算，出现502错误改如何解决，加入iop(5/13=1)有没有问题？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.03 21:06:45
Q:
能不能编译一个nbo6.0的g09d ?
A:
impossible
要转给g09用的NBO6花钱买去
Q:
g09 生成NBO的输入文件放到NBO里跑不就完了
[表情]越来越觉得NBO好像并不是特别好的分析方法
能直接用不是更好嘛
A:
是的，有大量很不科学的地方
其价值、可靠性被初学者普遍严重高估
Q:
竟然没有nbo6.0的源代码。。。。
A:
很多地方任意性极强
很多地方强词夺理
凭什么有
Q:
[表情]啥都不懂得时候感觉g09直接就能算，看second order一看，有机里面的超共轭什么的都看出来了；后来发现原来它觉着啥都超共轭
A:
是的
连个苯环六中心共轭还得描述成交替超共轭...
弱相互作用不分青红皂白也全说成是超共轭
Q:
这都可以
A:
化学键拉长过程，从BD一下蹦到超共轭
物理图景根本不严格
----------------------------------------------------
2015.12.03 21:07:47
Q:
sob老师可以解释下吗，It is well known that a small HOMO–LUMO energy gap implies low kinetic stability, because it is energetically favorable to add electrons to a low-lying LUMO and to receive electrons from a high-lying HOMO
A:
和稳定性并无必然关系
充分讨论了：
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
----------------------------------------------------
2015.12.03 21:14:52
Q:
激发态计算里 root=1 指的是S1 还是T1？
A:
0 1时就是S1
----------------------------------------------------
2015.12.03 21:20:03
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
NBO里的自然共振理论（NRT）我老马上联想到NTR
----------------------------------------------------
2015.12.03 21:21:43
Q:
[图片]老师，这个图叫 F2和HF反应活性位点图怎么样
这什么图/发呆
A:
不算活性位点图，因为不是发生化学反应
Q:
也就是库伦作用吸引位点吧
A:
对
Q:
我特别想知道红色和蓝色的点是啥？
A:
看此文
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
Q:
那老师这个图叫 F2和HF库伦作用吸引位点图怎么不好听不能突出会从那个点接触
A:
静电相互作用互补示意图
----------------------------------------------------
2015.12.03 21:25:50
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
百度百科真讨厌，更新Multiwfn条目里面的程序最新版本号居然还不给通过
----------------------------------------------------
2015.12.03 21:37:22
Q:
找过渡态时，对残基用MM，其它部分用QM，这样找过渡态，与把残基固定找过渡态，有多少差异？后一种方法是否被期刊认可？
A:
可以固定远处的，但别把离反应位点太近的给固定了
----------------------------------------------------
2015.12.03 22:01:27
Q:
[图片]set老师最近看山不是山啊
山，其实是E 睡了时的姿势。
噗哈哈哈哈哈哈................
就想补一句没那么大的肚子哈哈哈哈
[图片]....太欢乐了
哈哈哈哈哈
这个逗，哈哈
趴着睡是M
转身是[图片]
A:
ヨ
Q:
ヨ怎么读？@Sobereva
A:
yo
yoooooooooo
----------------------------------------------------
2015.12.03 22:02:19
Q:
我是新手入门，课题要模拟离子液，现在要优化1-乙基-3-甲基咪唑阳离子，[图片]自旋多重度文献中暂时没有找到说明，可不可以这样做，设定的时候先按体系总电子数的奇偶来判断自旋多重度的量，最后选择能量最低的自旋多重度
A:
这种有机体系，偶数就用1，奇数就用2就完了
----------------------------------------------------
2015.12.03 22:29:15
Q:
各位老师，VASP软件贵不？大概多少RMB？谢谢
A:
几万RMB
你也可以直接官方订购
这样会便宜
----------------------------------------------------
2015.12.04 00:40:57
A:
看了这个，感觉以后写的书100%会有人把电子版搞网上去，而且下载还要金币什么的（尤其百度文库之流）
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=63948&do=blog&id=884843
Q:
左盼右盼Sob前辈的书...
sob预购能给签名版嘛
A:
待定
忙啊，没时间写
提纲已完成了，届时肯定会有很多变动
[图片]
Q:
sob懂得好全面啊
A:
争取春节前能基本弄出个毛坯房
----------------------------------------------------
2015.12.04 00:59:38
Q:
gromacs好复杂
参数太多了
还好吧 manual比lammps的薄多了
主要是用得人太多了稍微问问就入门了
A:
恩，amber15手册厚度都是gmx的两倍
----------------------------------------------------
2015.12.04 00:45:49
A:
接下来几个月开始做明年的分子动力学与gmx培训班的ppt
Q:
求文献
A:
12月1日你已经求过一次sci-hub.io能下的文献，并且进行过警告。本次重犯，按照群规，将汝移出本群
----------------------------------------------------
2015.12.04 12:54:49
Q:
刚到手的漫画量子力学。
漫画量子力学是个好东东呢
A:
我书架上的
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.04 12:59:59
Q:
sob老师，AdNDP和NBO相比，算法改进之处是什么呢？
sob老师，什么是自然共振理论呢？
物理含义是什么呢？
我从这里看到的， If the standard NBO method were extended to nc-2e blocks, it would still produce resonance structures in certain cases, because it rejects vectors with significant overlaps. As a result, these resonance structure would have bonding patterns inconsistent with the point group symmetry of the studied system. The AdNDP avoids this problem. By accepting overlapping eigenvectors it produces a bonding pattern, which is always consistent with the symmetry of the system. ‘‘Bonding pattern’’here is the set of all bonding elements recovered by the AdNDP analysis and placed on the molecular framework.
A:
可以搜索无数个中心。这在博文里已经说得很透彻了
想了解NBO和NRT看这些
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
Q:
sob老师，什么是自然共振理论呢？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.04 12:59:59
Q:
@Sobereva
老师，可以在高斯中对分子施加应力吗？
A:
不能施加
----------------------------------------------------
2015.12.04 12:59:59
Q:
Multiwfn可以自定义片段名称吗？[图片]比如在这个图中，我想要把PDOS frag.1这个名称进行修改，可以实现吗？
A:
后处理菜单里有，仔细看
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2015.12.04 13:06:11
Q:
额，就是那种施加一种力可以让分子变形的力，对吧
额，就是那种施加一种力可以让分子变形的力，对吧
A:
没法自定义原子的受力
----------------------------------------------------
2015.12.04 14:06:34
Q:
老师，还有没有其他的软件可以做添加分子的应力的计算呢？
是不是只有第一性原理的软件才能够添加应力呢
A:
那都是材料相关的，算分子为主的量化程序没这些东西
@乖娃娃恶意卖萌
----------------------------------------------------
2015.12.04 14:15:23
Q:
sob，好像关于multiwfn的，很少讲到怎么使用grd文件啊
dmol3计算的文件不知道怎么用multiwfn
@Sobereva
A:
.grd文件对于Multiwfn来说和.cub是一样的，不过不包含分子结构信息。
光有.grd干不了多少事情
Q:
我看dmol3分析出来只有grd文件啊
那还需要什么文件才能用multiwfn
A:
所以说multiwfn基本搞不了dmol3
dmol3非得用数值基组，由于这点没有其它程序能分析
要不是算周期性体系的话还是甭用dmol3，比它强的量化程序大把
Q:
今天看了看，multiwfn是可以画dmol3轨道图的
dmol3唯一一个优点是。。。。。。。快
那是真的快
A:
画不了。只能是你获得轨道的grd文件之后在Multiwfn里显示
Dmol3再快也比不上ORCA开RI跑纯泛函
----------------------------------------------------
2015.12.04 14:19:53
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
那怎么把DMol3优化的结构放到Gaussian里呢？
能吗
sob,网传dmol3计算的最大原子数比gaussian多，是不是真的
A:
能啊
Q:
说gaussian最多100度，dmol3能够计算到500
A:
最多100是瞎说
高斯也是能跑几百的
ORCA RI-纯泛函跑几百个原子比高斯快一两个数量级
Q:
老师，跑不了太多原子是机器的限制
A:
有个intel 16核服务器，跑个200原子以内的有机分子优化并不是特别难
----------------------------------------------------
2015.12.04 14:23:25
Q:
请问sob， Gaussian和ORCA RI为什么速度有数量级的差距啊？
A:
高斯的RI几乎就没怎么好好搞
ORCA把RI发挥得淋漓尽致，挖掘了最大加速潜能
Q:
可以不可以把ORCA国产化呢？
A:
国产化[图片]
你赚了大钱让neese把orca全盘转让给你就国产化了
Q:
neese是谁呢？
A:
frank neese
orca的boss
----------------------------------------------------
2015.12.04 14:29:30
Q:
sob，你刚才说能把DMol3优化的结构放到Gaussian里，是直接贴坐标吗？还是有文件可以转换？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.12.04 15:09:34
Q:
请教一下matlab怎么用
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.04 15:25:57
Q:
[图片]还是 Multiwfn?
A:
Multiwfn
也不知道为什么总有人把wfn大写
手册第一页赫然写得很清楚
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.04 15:31:15
Q:
不应该是Multiwfa吗
A:
[表情]
----------------------------------------------------
2015.12.04 15:31:54
A:
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
[图片]
Q:
Analyzer 缩写到哪了
A:
无
Q:
那就不刚了
不好
A:
好！
----------------------------------------------------
2015.12.04 16:38:34
Q:
请教这种图是怎么作出来的
[图片]
Contour line map of electronic density on DNAT
文献上说她是用multiwfn做的
A:
Multiwfn手册4.4节
比gv灵活得多
另可参考
将分子结构图和Multiwfn绘制的平面图准确合并的方法
http://sobereva.com/274
Q:
谢谢sob老师，我看了4.4节做出来类似这种
[图片]
A:
这里也有说明
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2015.12.04 17:11:15
Q:
感觉有了计算化学公社后，分子模拟论坛废了
http://simulation.haotui.com/forum-69-3.html
今天心血来潮取看看，结果发现人气大不如前
A:
没直接关系，没建计算化学公社时分子模拟论坛已经没多少人气了
Q:
为啥，哎
A:
mdbbs老一批管理员都忙各自的事了
Q:
哪个论坛的服务器是自己买的还是租的
A:
应该是租的
----------------------------------------------------
2015.12.04 17:17:00
Q:
【链接】生物分子模拟论坛BiologicalModellingandSimulation-
http://bioms.org/
还有这个论坛
A:
bioms对应的群比较有人气，但是论坛很冷了
----------------------------------------------------
2015.12.04 17:51:26
Q:
加虚原子计算NICS(1)_zz时，对于虚原子有以下提示，没问题吗？
Standard basis: 6-31+G(d,p) (6D, 7F)
Warning: center 151 has no basis functions!
Warning: center 152 has no basis functions!
Warning: center 153 has no basis functions!
Warning: center 154 has no basis functions!
Warning: center 155 has no basis functions!
Warning: center 156 has no basis functions!
A:
没问题，只是用于定位用，不用给基函数
----------------------------------------------------
2015.12.04 19:00:49
Q:
[图片]这类方法，计算能量很精确吗？
A:
y
[图片]
Q:
谢谢，明白，有这方面的经典文献吗？
A:
[图片]
看综述
----------------------------------------------------
2015.12.04 19:29:50
Q:
大家晚上好，请问，用gaussian在不同溶剂下优化结构有什么用？只是单纯的优化结构，所优化的分子并不和溶剂或者其他什么物质反应，感觉优化过后结构能量基本上没有变化，这是不是说在不同溶剂下单纯的优化一个分子是不是没有什么意义？谢谢
A:
用隐式溶剂模型，得到的相当于溶剂下的平均结构
溶质、溶剂极性都越强的时候，溶剂对结构产生的影响才越大。否则溶剂对结构的影响甚微
Q:
那老师，如果影响甚微是不是说讨论不同溶剂下的结构就没有什么意义了
A:
如果介电常数差异不非常大，溶剂又不带电荷极性又不是特强，溶剂下优化结果和气相不会有多少可察觉得到的变化
能量还是应该在溶剂下算
----------------------------------------------------
2015.12.04 19:54:57
Q:
求篇文献。sci-hub下不了 http://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/08927022.2015.1036265#.VmF-PnkxjCI
A:
[图片]
违规一次，已记录
Q:
我这不行啊、
A:
好好看群规
今天有一人因为两次求sci-hub.io能下的文献已被踢了
----------------------------------------------------
2015.12.04 20:48:28
Q:
各位老师问一个比较基础的问题就是反馈键和配位键包含哪些类型呢
A:
找本介绍配合物的书，或中级无机化学之类的，都有介绍
----------------------------------------------------
2015.12.04 21:50:58
Q:
[图片]sob老师您好，本人在用电荷分解分析的时候，发现空轨道的贡献都超过了100%，这是什么原因？
A:
Mulliken方法的缺陷
Q:
那我们应该怎么改善呀
A:
用的什么基组？
Q:
该种方法对占据轨道的描述正确么
aug-cc-pvqz
A:
CDA计算不要用弥散函数！！！！！
看群共享里《广义化的电荷分解分析(GCDA)方法》中的讨论
用了弥散函数CDA的结果完全是错的
用这么大基组根本没意义
def2-TZVP足矣，def2-SVP也够了
----------------------------------------------------
2015.12.04 21:59:12
Q:
老师，我记得您以前说过，scf=tight int 与不加int的优化没有可比性，是不？如果一系列物质要比较，都要加int,对吗？
A:
否
不是加int，这毫无意义，要加就加int=ultrafine，或者在特殊情况下用比ultrafine更高精度的积分格点
是否在ultrafine下优化的结构依然是有可比性的，但能量没有可比性
Q:
还有个问题，一个构形，加了int=ultrafine以后，虚频消失了。在这个基础上，去掉了int=ultrafine以后，在优化，虚频又出现了，怎么办？
因为，前面的一系列物质我都没加int=ultrafine。还需要比较能量
A:
算单点时候去了ultrafine就完了
要么就都加ultrafine
Q:
优化的零点能矫正的那个数值可用吧？
A:
几何结构、ZPE用ultrafine的，单点用不带ultrafine的
----------------------------------------------------
2015.12.04 22:02:14
Q:
那么老师，如果在结构优化时用了弥散函数，而计算CDA没有，那结果准确么
A:
准
Q:
也就是用优化结构的机组去掉弥散函数，来计算波函数，在multiwfn下计算一系列波函数性质都应该是准确的，对否？@Sobereva
A:
对
----------------------------------------------------
2015.12.04 22:21:42
Q:
老师，请教一下，吉布斯自由能能垒=过渡态吉布斯自由能-中间体吉布斯自由能），焓变=产物焓-反应物焓，活化能=过渡态焓-中间体焓变对吗@Sobereva
A:
“活化能”指代不明
既有活化自由能，也有活化焓（还有活化熵），也有根据阿仑尼乌斯公式拟合出来的活化能
怎么算“活化能”看你用在什么地方
----------------------------------------------------
2015.12.04 22:32:06
Q:
请问，LOL中标尺怎么设置，发现Set extension distance for plane type 1~5,如果单位距离填大一点就能将图置于中间，但“横轴”仍然是从0开始，看教程上是可以负值，然后图形居中
A:
那个坐标根本没意义，无所谓
仅对于XY/YZ/XZ平面作为绘图平面的时候那个才能如实显示
坐标只是提供一个刻度信息作为标尺而已
Q:
[图片]比如我这个图，是指定原子平面显示的，一开始出来右边就有没显示全的，只能通过增大 extension distance 让其显示完整么 @Sobereva
A:
也可以自定义原点和平移矢量达到精细调节目的
Q:
里头可以设置吗
A:
可
----------------------------------------------------
2015.12.04 22:38:30
Q:
老师：您好！优化的关键词如下[图片]，出现了如下这个虚频[图片]，老师这样对能量和结构的影响大吗？或者对后面进行的选用NICS，多中心键级 MO，AdNDP进行芳香性研究有影响吗？
A:
能用calcall消除就用这个消除
算不动就看看振动模式，看看对应什么情况
Q:
恩[表情]，好的谢谢老师[表情][表情]
老师：您好！为了计算节省时间，我是关键词[图片]中直接加calcall吗？还是需要减少哪些关键词和增加哪些关键词呢？
A:
#P PBE1PBE/def2TZVP opt=calcall
----------------------------------------------------
2015.12.04 22:53:18
Q:
各位亲，求助一篇文献，谢谢啦http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0021951779902562
A:
屡禁不止！
[图片]
违规一次，已记录
----------------------------------------------------
2015.12.05 00:03:47
Q:
def2TZVP可以用来计算过渡金属吗？
A:
可
----------------------------------------------------

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