径向分布函数中纵坐标的数值大小是否有意义

Dreamer1

老师好，我在用gromacs进行电解液的分子动力学模拟后，进行了径向分布函数分析。首先，电解液的溶质是离子液体（阳离子是N连接的双五环结构，阴离子是FSI阴离子，下面附上了分子结构图），溶剂是乙腈，添加剂是乙酸乙酯。我进行分子动力学经历了三个过程（1）能量最小化（2）NPT预平衡（3）NPT正式跑分子动力学。我分别计算了阳离子上的N——乙腈上的N、阴离子的O——乙腈上的H之间的径向分布函数（下面附上了数据图），发现虽然纵坐标的峰值随着阴阳离子浓度的增加有变化，但是纵坐标整体的数值都不大，都不超过5（而看到文献里算的径向分布函数的纵坐标有的能到50或者60那么高）。那么这一点是不是说明阴、阳离子与乙腈的溶剂化就是非常弱？另外我想问，整体数值都小有没有可能是因为分子动力学还没跑到一种稳定的状态或者是跑分子动力学设置的参数有问题（比如说盒子偏大）？

       

sobereva

建议你先搞清楚rdf是怎么定义的，弄明白分子和分母对应什么，结合实际体系自然知道怎么解释结果

ioktjg

1.其他线看着正常，绿线很怪，不是在配位峰后就收敛到一，是不是在体系中非均匀分布
2.RDF可以用来粗糙地计算自由能，比较组分间相互作用，配位峰高和谷高是有意义的（N. Dubouis, A. Serva, R. Berthin, G. Jeanmairet, B. Porcheron, E. Salager, M. Salanne & A. Grimaud. Tuning water reduction through controlled nanoconfinement within an organic liquid matrix. Nature Catalysis 3, 656-663 (2020).）