拟合二面角参数，拟合完参数重新放入top中扫二面角势能线与拟合曲线不重合

小潘潘

老师好，我在利用opls-aa力场拟合二面角参数，最后拟合完参数重新放入top中扫二面角势能线与拟合曲线不重合
             我的具体步骤如下：（1）首先对图中分子需要扫的那个二面角进行DFT扫描，采用刚性扫描，从0度扫到360度，​利用ωB97XD/6-31G(d,p) ​泛函，优化ω时考虑溶剂化效应，用的是PCM模型，ε设为3.0 ​，优化后的ω为​0.0208 bohr−1

（2）将DFT扫描的每一个结构都保存成pdb文件，然后将这些pdb文件拼接成一个多帧的pdb文件

（3）将分子的itp文件中需要扫描的二面角参数都设置为0（这里我要扫描的是17和14号原子之间的二面角，涉及到的二面角有四组分别是20-17-14-8、20-17-14-16、19-17-14-8、19-17-14-16，我将这四个二面角参数都设为0，PTB7-T​.itp为二面角参数为0的itp文件）然后用gmx_mpi grompp -f md_nopbc.mdp -c out.pdb -p system.top -o md_nopbc.tpr命令制作tpr文件，计算这个多帧pdb中每一帧的单点能gmx_mpi mdrun -s md_nopbc.tpr -rerun out.pdb -e md_nopbc.edr，​最后运用gmx energy命令提取edr文件中的potential能量，即为MM能量。​

（4）DFT和MM势能曲线都以29度的能量为零点（29度时DFT的能量最小​）​此时将处理后的DFT能量减去MM能量得到intrinsic 扭转势能。对该intrinsic扭转势能进行拟合。拟合得到的C0——C5参数​ 我才用的函数形式如下，其中C0模拟得到的数值分别是12.786  -1.551 -37.835  -2.906  21.097   1.774

  （5）将20-17-14-8、20-17-14-16、19-17-14-8、19-17-14-16这四个二面角的参数改为拟合得到的C0——C5（PTB7-T​-new.itp为修改后的itp文件​），重新扫每一帧的能量，减去零点能量后与DFT能量相对比。但是最终结果拟合完参数重新放入top中扫二面角势能线与最初拟合的曲线不重合，能否麻烦老师帮我看一下我这个过程是不是哪里出了错误，得到二面角参数该怎样写入top文件中？还有我想请问老师，拟合完二面角之后改如何判断拟合的准确性？