求助如何处理与金属Cu结合的晶体水氧 OXY

hhhnano

我在用Amber 处理金属多铜氧化酶时，看到蛋白结构中有2个与铜离子结合的晶体水氧O1和O2，下图红色所示，结构片段信息如下，

HETATM 4210 CU   CU  A 601     -33.513  21.218  -4.759  1.00 21.28          Cu
HETATM 4211 CU   CU  A 602     -34.609  30.985 -13.514  1.00 15.38          Cu
HETATM 4212 CU   CU  A 603     -38.943  30.175 -11.542  1.00 16.86          Cu
HETATM 4213 CU   CU  A 604     -37.270  33.388 -11.656  1.00 19.02          Cu
HETATM 4214  O1  OXY A 605     -36.905  30.873 -12.306  1.00  7.73           O
HETATM 4215  O2  OXY A 605     -37.023  30.208 -12.729  1.00 23.19           O

经查阅文献，说O可以按照OH-处理，但是出现了如下错误，不知如何处理，请教各位老师，非常感谢。
The crystal water oxygen bound to the Cu ion coordinated by His64 and His398 is in all cases represented as a hydroxide ion.

参考 How to use MCPB.py to generate OH parameters
http://archive.ambermd.org/201703/0167.html

$ tleap -s -f wat_tleap.in > wat_tleap.out
删除1个H，编辑蛋白中的水分子名称后

$ antechamber -fi pdb -fo mol2 -i MOH-1.pdb -o MOH-1.mol2 -at amber -c bcc -pf y -nc -1 -rn MOH
出现下面错误
Fatal Error!
This molecule may have more than one unit.
       antechamber can only handle one unit.  If the input is a single unit
       then the connectivity is wrong and the geometry may be bad.
       Please convert your molecule to a mol2 file via:
       antechamber -j 5 -at sybyl -dr no
       And then check your molecule with a visualization program;
       manually add missing bonds or delete unwanted bonds as appropriate.

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