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[GROMACS] 求助,计算蛋白质中氨基酸残基能量

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大佬们,求救,怎么去计算得到蛋白质每一个氨基酸的能量啊,什么软件可以做啊,gromacs行吗?

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发表于 Post on 2020-11-12 20:49:07 | 只看该作者 Only view this author
你先定义一下什么叫“每一个氨基酸的能量”

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-12 21:09:22 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2020-11-12 20:49
你先定义一下什么叫“每一个氨基酸的能量”

好像是每个氨基酸残基的溶剂化自由能

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发表于 Post on 2020-11-13 02:57:13 | 只看该作者 Only view this author
laide 发表于 2020-11-12 21:09
好像是每个氨基酸残基的溶剂化自由能

这和残基的能量在语义上完全是两码事,说残基能量至少得包括残基自身势能以及与外界的相互作用势

对于计算各残基溶解自由能,GROMACS干不了这个。Amber的MMGBSA功能印象中倒是可能能按残基来分解溶解自由能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-13 16:21:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-13 02:57
这和残基的能量在语义上完全是两码事,说残基能量至少得包括残基自身势能以及与外界的相互作用势

对于 ...

好的,谢谢大家,谢谢sob老师

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