求助：静电势表面顶点pdb文件如何转化为极值点pdb文件

zhoujiliang · 发表于 Post on 2020-11-16 07:23:17

我在使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图时，利用ESPpt.bat批处理文件产生了分子结构和表面顶点的pdb文件，用时较长。现在我想要得到静电势极值点的pdb文件（surfanalysis.pdb），运行ESPext.bat文件时，需要重新计算表面顶点文件。请问有没有直接从已产生的vtx.pdb文件中导出surfanalysis.pdb的方法？另外，运行ESPext.bat时如何设定可以从多个[序号].fch文件产生多个surfanalysis[序号].pdb文件？
十分感谢解答！

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-17 02:29:19

没法从vtx.pdb直接得到surfanalysis.pdb
自行修改一下ESPpt.bat，让导出vtx.pdb之后也导出surfanalysis.pdb就完了。不懂批处理方式运行Multiwfn的话看手册5.2节的介绍

给ESPext.bat再套个循环，循环当前目录下各个fch文件依次处理。参考Multiwfn手册5.3节关于批处理运行的方法

zhoujiliang · 发表于 Post on 2020-11-17 03:27:26

sobereva 发表于 2020-11-17 02:29
没法从vtx.pdb直接得到surfanalysis.pdb
自行修改一下ESPpt.bat，让导出vtx.pdb之后也导出surfanalysis.pd ...

谢谢老师的答复

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